globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7
   8 #include "rabundvector.hpp"
   9 #include "sabundvector.hpp"
  10 #include "listvector.hpp"
  11
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 class ListVector;
  16 class SharedListVector;
  17 class SparseMatrix;
  18 class FullMatrix;
  19 class Tree;
  20 class OrderVector;
  21 class InputData;
  22 class GroupMap;
  23 class TreeMap;
  24 class SAbundVector;
  25 class RAbundVector;
  26
  27 class GlobalData {
  28 public:
  29         static GlobalData* getInstance();
  30         ListVector* gListVector;
  31         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  32         InputData* ginput;
  33         OrderVector* gorder;
  34         ListVector* glist;
  35         vector<Tree*> gTree;
  36         SharedListVector* gSharedList;
  37         SAbundVector* sabund;
  38         RAbundVector* rabund;
  39         GroupMap* gGroupmap;
  40         FullMatrix* gMatrix;
  41         TreeMap* gTreemap;
  42         string inputFileName, helpRequest, commandName, vertical;
  43         bool allLines;
  44         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  45         set<int> lines; //hold lines to be used
  46         set<string> labels; //holds labels to be used
  47         vector<string> Treenames;
  48
  49         string getPhylipFile();
  50         string getColumnFile();
  51         string getListFile();
  52         string getRabundFile();
  53         string getSabundFile();
  54         string getNameFile();
  55         string getGroupFile();
  56         string getOrderFile();
  57         string getFastaFile();
  58         string getNexusFile();
  59         string getClustalFile();
  60         string getTreeFile();
  61         string getSharedFile();
  62         string getCutOff();
  63         string getFormat();
  64         string getPrecision();
  65         string getMethod();
  66         string getFileRoot();
  67         string getIters();
  68         string getJumble();
  69         string getFreq();
  70         string getAbund();
  71         string getRandomTree();
  72         string getGroups();
  73         string getStep();
  74         string getForm();
  75         string getSorted();
  76
  77         string getTrump();
  78         string getSoft();
  79         string getFilter();
  80
  81
  82         string getScale();
  83
  84
  85         void setListFile(string);
  86         void setPhylipFile(string);
  87         void setColumnFile(string);
  88         void setNameFile(string);
  89         void setRabundFile(string);
  90         void setSabundFile(string);
  91         void setFormat(string);
  92         void setRandomTree(string);
  93         void setGroups(string);
  94         void setCalc(string);
  95
  96         void clear();
  97         void clearLabels();
  98         void clearAbund();
  99
 100         void parseGlobalData(string, string);
 101
 102         void parseTreeFile();           //parses through tree file to find names of nodes and number of them
 103                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
 104                                                         //not included in the tree.
 105                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
 106
 107
 108 private:
 109
 110         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, nexusfile, clustalfile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups;
 111         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund, step, form, sorted, trump, soft, filter, scale;
 112
 113
 114         static GlobalData* _uniqueInstance;
 115         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
 116         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
 117         GlobalData();
 118         ~GlobalData();
 119         void reset();   //clears all non filename parameters
 120         void readTreeString(ifstream&);
 121
 122
 123
 124 };
 125
 126 #endif