globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "sabundvector.hpp"
   9 #include "listvector.hpp"
  10
  11 class ListVector;
  12 class SharedListVector;
  13 class SparseMatrix;
  14 class FullMatrix;
  15 class Tree;
  16 class OrderVector;
  17 class InputData;
  18 class GroupMap;
  19 class TreeMap;
  20 class SAbundVector;
  21 class RAbundVector;
  22 class SequenceDB;
  23
  24 class GlobalData {
  25 public:
  26         static GlobalData* getInstance();
  27         ListVector* gListVector;
  28         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  29         InputData* ginput;
  30         OrderVector* gorder;
  31         ListVector* glist;
  32         vector<Tree*> gTree;
  33         SharedListVector* gSharedList;
  34         SAbundVector* sabund;
  35         RAbundVector* rabund;
  36         GroupMap* gGroupmap;
  37         FullMatrix* gMatrix;
  38         TreeMap* gTreemap;
  39         SequenceDB* gSequenceDB;
  40         string inputFileName, helpRequest, commandName, vertical, argv;
  41         bool allLines;
  42         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  43         set<int> lines; //hold lines to be used
  44         set<string> labels; //holds labels to be used
  45         vector<string> Treenames;
  46
  47         string getPhylipFile();
  48         string getColumnFile();
  49         string getListFile();
  50         string getRabundFile();
  51         string getSabundFile();
  52         string getNameFile();
  53         string getGroupFile();
  54         string getOrderFile();
  55         string getFastaFile();
  56         string getTreeFile();
  57         string getSharedFile();
  58         string getCutOff();
  59         string getFormat();
  60         string getPrecision();
  61         string getMethod();
  62         string getFileRoot();
  63         string getIters();
  64         string getJumble();
  65         string getFreq();
  66         string getAbund();
  67         string getRandomTree();
  68         string getGroups();
  69         string getStep();
  70         string getForm();
  71         string getSorted();
  72         string getCountEnds();
  73         string getProcessors();
  74         string getSize();
  75         string getCandidateFile();
  76         string getSearch();
  77         string getKSize();
  78         string getAlign();
  79         string getMatch();
  80         string getMismatch();
  81         string getGapopen();
  82         string getGapextend();
  83         string getVertical();
  84         string getTrump();
  85         string getSoft();
  86         string getHard();
  87         string getScale();
  88         string getStartPos();
  89         string getEndPos();
  90         string getMaxAmbig();
  91         string getMaxHomoPolymer();
  92         string getMinLength();
  93         string getMaxLength();
  94         string getFlip();
  95         string getForwardMismatch();
  96         string getReverseMismatch();
  97         string getBarcodeMismatch();
  98         string getOligosFile();
  99
 100         void setListFile(string);
 101         void setGroupFile(string file);
 102         void setPhylipFile(string);
 103         void setColumnFile(string);
 104         void setNameFile(string);
 105         void setRabundFile(string);
 106         void setSabundFile(string);
 107         void setSharedFile(string);
 108         void setFormat(string);
 109         void setRandomTree(string);
 110         void setGroups(string);
 111         void setCalc(string);
 112         void setCountEnds(string);
 113         void setProcessors(string);
 114
 115         void clear();
 116         void clearLabels();
 117         void clearAbund();
 118
 119         void parseGlobalData(string, string);
 120
 121         void parseTreeFile();   //parses through tree file to find names of nodes and number of them
 122                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
 123                                                         //not included in the tree.
 124                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
 125
 126
 127 private:
 128
 129         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups, cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund, step, form, sorted, trump, soft, hard, scale, countends, processors, candidatefile, search, ksize, align, match, size, mismatch, gapopen, gapextend, minLength, maxLength, startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoPolymer, flip, forMismatch, revMismatch, barMismatch, oligoFile;
 130
 131
 132         static GlobalData* _uniqueInstance;
 133         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
 134         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
 135         GlobalData();
 136         ~GlobalData();
 137         void reset();   //clears all non filename parameters
 138         void readTreeString(ifstream&);
 139
 140
 141
 142 };
 143
 144 #endif