globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7
   8 using namespace std;
   9
  10 class ListVector;
  11 class SharedListVector;
  12 class SparseMatrix;
  13 class Tree;
  14 class OrderVector;
  15 class InputData;
  16 class GroupMap;
  17 class TreeMap;
  18 class SAbundVector;
  19
  20 class GlobalData {
  21 public:
  22         static GlobalData* getInstance();
  23         ListVector* getListVector();
  24         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  25         InputData* ginput;
  26         OrderVector* gorder;
  27         ListVector* glist;
  28         vector<Tree*> gTree;
  29         SharedListVector* gSharedList;
  30         SAbundVector* sabund;
  31         GroupMap* gGroupmap;
  32         TreeMap* gTreemap;
  33         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  34         bool allLines;
  35         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  36         set<int> lines; //hold lines to be used
  37         set<string> labels; //holds labels to be used
  38
  39         string getPhylipFile();
  40         string getColumnFile();
  41         string getListFile();
  42         string getRabundFile();
  43         string getSabundFile();
  44         string getNameFile();
  45         string getGroupFile();
  46         string getOrderFile();
  47         string getFastaFile();
  48         string getTreeFile();
  49         string getSharedFile();
  50         string getCutOff();
  51         string getFormat();
  52         string getPrecision();
  53         string getMethod();
  54         string getFileRoot();
  55         string getIters();
  56         string getJumble();
  57         string getFreq();
  58         string getAbund();
  59         string getRandomTree();
  60
  61         void setListFile(string);
  62         void setPhylipFile(string);
  63         void setColumnFile(string);
  64         void setNameFile(string);
  65         void setRabundFile(string);
  66         void setSabundFile(string);
  67         void setFormat(string);
  68         void setRandomTree(string);
  69         void setCalc(string);
  70
  71
  72         void setListVector(ListVector*);
  73         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  74         void clear();
  75         void clearLabels();
  76         void clearAbund();
  77
  78         void parseGlobalData(string, string);
  79
  80 private:
  81         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups;
  82         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund;
  83
  84         static GlobalData* _uniqueInstance;
  85         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  86         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  87         GlobalData();
  88         ~GlobalData();
  89         ListVector* gListVector;
  90         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  91         void reset();   //clears all non filename parameters
  92
  93
  94
  95 };
  96
  97 #endif