getsabundcommand.cpp

   1 /*
   2  *  getsabundcommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 6/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "getsabundcommand.h"
  11
  12 //**********************************************************************************************************************
  13
  14 GetSAbundCommand::GetSAbundCommand(string option){
  15         try {
  16                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  17                 abort = false;
  18                 allLines = 1;
  19                 lines.clear();
  20                 labels.clear();
  21
  22                 //allow user to run help
  23                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  24
  25                 else {
  26                         //valid paramters for this command
  27                         string Array[] =  {"line","label"};
  28                         vector<string> myArray (Array, Array+(sizeof(Array)/sizeof(string)));
  29
  30                         parser = new OptionParser();
  31                         parser->parse(option, parameters);  delete parser;
  32
  33                         ValidParameters* validParameter = new ValidParameters();
  34
  35                         //check to make sure all parameters are valid for command
  36                         for (it = parameters.begin(); it != parameters.end(); it++) {
  37                                 if (validParameter->isValidParameter(it->first, myArray, it->second) != true) {  abort = true;  }
  38                         }
  39
  40                         //make sure the user has already run the read.otu command
  41                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "")) { cout << "You must read a list or rabund before you can use the get.sabund command." << endl; abort = true; }
  42
  43                         //check for optional parameter and set defaults
  44                         // ...at some point should added some additional type checking...
  45                         line = validParameter->validFile(parameters, "line", false);
  46                         if (line == "not found") { line = "";  }
  47                         else {
  48                                 if(line != "all") {  splitAtDash(line, lines);  allLines = 0;  }
  49                                 else { allLines = 1;  }
  50                         }
  51
  52                         label = validParameter->validFile(parameters, "label", false);
  53                         if (label == "not found") { label = ""; }
  54                         else {
  55                                 if(label != "all") {  splitAtDash(label, labels);  allLines = 0;  }
  56                                 else { allLines = 1;  }
  57                         }
  58
  59                         //make sure user did not use both the line and label parameters
  60                         if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You cannot use both the line and label parameters at the same time. " << endl; abort = true; }
  61                         //if the user has not specified any line or labels use the ones from read.otu
  62                         else if((line == "") && (label == "")) {
  63                                 allLines = globaldata->allLines;
  64                                 labels = globaldata->labels;
  65                                 lines = globaldata->lines;
  66                         }
  67
  68                         delete validParameter;
  69
  70                         if (abort == false) {
  71                                 filename = getRootName(globaldata->inputFileName) + "sabund";
  72                                 openOutputFile(filename, out);
  73                         }
  74                 }
  75
  76         }
  77         catch(exception& e) {
  78                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetSAbundCommand class Function GetSAbundCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  79                 exit(1);
  80         }
  81         catch(...) {
  82                 cout << "An unknown error has occurred in the GetSAbundCommand class function GetSAbundCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  83                 exit(1);
  84         }
  85
  86 }
  87 //**********************************************************************************************************************
  88
  89 void GetSAbundCommand::help(){
  90         try {
  91                 cout << "The get.sabund command can only be executed after a successful read.otu of a listfile." << "\n";
  92                 cout << "The get.sabund command parameters are line and label.  No parameters are required, and you may not use line and label at the same time." << "\n";
  93                 cout << "The line and label allow you to select what distance levels you would like included in your .sabund file, and are separated by dashes." << "\n";
  94                 cout << "The get.sabund command should be in the following format: get.sabund(line=yourLines, label=yourLabels)." << "\n";
  95                 cout << "Example get.sabund(line=1-3-5)." << "\n";
  96                 cout << "The default value for line and label are all lines in your inputfile." << "\n";
  97                 cout << "The get.sabund command outputs a .sabund file containing the lines you selected." << "\n";
  98                 cout << "Note: No spaces between parameter labels (i.e. line), '=' and parameters (i.e.yourLines)." << "\n" << "\n";
  99         }
 100         catch(exception& e) {
 101                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetSAbundCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 102                 exit(1);
 103         }
 104         catch(...) {
 105                 cout << "An unknown error has occurred in the GetSAbundCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 106                 exit(1);
 107         }
 108 }
 109
 110 //**********************************************************************************************************************
 111
 112 GetSAbundCommand::~GetSAbundCommand(){
 113 }
 114
 115 //**********************************************************************************************************************
 116
 117 int GetSAbundCommand::execute(){
 118         try {
 119
 120                 if (abort == true) { return 0; }
 121
 122                 int count = 1;
 123
 124                 //using order vector so you don't have to distinguish between the list and rabund files
 125                 read = new ReadOTUFile(globaldata->inputFileName);
 126                 read->read(&*globaldata);
 127
 128                 order = globaldata->gorder;
 129                 lastOrder = order;
 130                 input = globaldata->ginput;
 131
 132                 //if the users enters label "0.06" and there is no "0.06" in their file use the next lowest label.
 133                 set<string> processedLabels;
 134                 set<string> userLabels = labels;
 135                 set<int> userLines = lines;
 136
 137
 138                 while((order != NULL) && ((allLines == 1) || (userLabels.size() != 0) || (userLines.size() != 0))) {
 139
 140                         if(allLines == 1 || lines.count(count) == 1 || labels.count(order->getLabel()) == 1){
 141                                         cout << order->getLabel() << '\t' << count << endl;
 142                                         sabund = new SAbundVector();
 143                                         *sabund = (order->getSAbundVector());
 144                                         sabund->print(out);
 145                                         delete sabund;
 146
 147                                         processedLabels.insert(order->getLabel());
 148                                         userLabels.erase(order->getLabel());
 149                                         userLines.erase(count);
 150                         }
 151
 152                         if ((anyLabelsToProcess(order->getLabel(), userLabels, "") == true) && (processedLabels.count(lastOrder->getLabel()) != 1)) {
 153                                         cout << lastOrder->getLabel() << '\t' << count << endl;
 154                                         sabund = new SAbundVector();
 155                                         *sabund = (lastOrder->getSAbundVector());
 156                                         sabund->print(out);
 157                                         delete sabund;
 158
 159                                         processedLabels.insert(lastOrder->getLabel());
 160                                         userLabels.erase(lastOrder->getLabel());
 161                         }
 162
 163                         if (count != 1) { delete lastOrder; }
 164                         lastOrder = order;
 165
 166                         order = (input->getOrderVector());
 167                         count++;
 168                 }
 169
 170                 //output error messages about any remaining user labels
 171                 set<string>::iterator it;
 172                 bool needToRun = false;
 173                 for (it = userLabels.begin(); it != userLabels.end(); it++) {
 174                         cout << "Your file does not include the label "<< *it;
 175                         if (processedLabels.count(lastOrder->getLabel()) != 1) {
 176                                 cout << ". I will use " << lastOrder->getLabel() << "." << endl;
 177                                 needToRun = true;
 178                         }else {
 179                                 cout << ". Please refer to " << lastOrder->getLabel() << "." << endl;
 180                         }
 181                 }
 182
 183                 //run last line if you need to
 184                 if (needToRun == true)  {
 185                         cout << lastOrder->getLabel() << '\t' << count << endl;
 186                         sabund = new SAbundVector();
 187                         *sabund = (lastOrder->getSAbundVector());
 188                         sabund->print(out);
 189                         delete sabund;
 190                 }
 191                 delete lastOrder;
 192
 193                 out.close();
 194                 return 0;
 195         }
 196
 197         catch(exception& e) {
 198                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetSAbundCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 199                 exit(1);
 200         }
 201         catch(...) {
 202                 cout << "An unknown error has occurred in the GetSAbundCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 203                 exit(1);
 204         }
 205 }
 206
 207 //**********************************************************************************************************************
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