getrelabundcommand.h

   1 #ifndef GETRELABUNDCOMMAND_H
   2 #define GETRELABUNDCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  getrelabundcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 6/21/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  13 #include "command.hpp"
  14 #include "inputdata.h"
  15 #include "sharedrabundvector.h"
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  18 class GetRelAbundCommand : public Command {
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  20 public:
  21         GetRelAbundCommand(string);
  22         GetRelAbundCommand();
  23         ~GetRelAbundCommand(){}
  24
  25         vector<string> setParameters();
  26         string getCommandName()                 { return "get.relabund";                        }
  27         string getCommandCategory()             { return "OTU-Based Approaches";        }
  28         string getOutputFileNameTag(string, string);
  29         string getHelpString();
  30         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.relabund"; }
  31         string getDescription()         { return "calculates the relative abundance of each OTU in a sample"; }
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  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
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  37 private:
  38         InputData* input;
  39         vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  40
  41         bool abort, allLines, pickedGroups;
  42         set<string> labels; //holds labels to be used
  43         string groups, label, outputDir, scale, sharedfile;
  44         vector<string> Groups, outputNames;
  45
  46         int getRelAbundance(vector<SharedRAbundVector*>&, ofstream&);
  47
  48 };
  49
  50 #endif
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