]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blob - getrabundcommand.h
Merge remote-tracking branch 'origin/master'
[mothur.git] / getrabundcommand.h
1 #ifndef GETRABUNDCOMMAND_H
2 #define GETRABUNDCOMMAND_H
3
4 /*
5  *  getrabundcommand.h
6  *  Mothur
7  *
8  *  Created by Sarah Westcott on 6/2/09.
9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
10  *
11  */
12
13
14 #include "command.hpp"
15 #include "inputdata.h"
16 #include "listvector.hpp"
17
18
19 class GetRAbundCommand : public Command {
20 public:
21         GetRAbundCommand(string);
22         GetRAbundCommand();
23         ~GetRAbundCommand(){}
24         
25         vector<string> setParameters();
26         string getCommandName()                 { return "get.rabund";                          }
27         string getCommandCategory()             { return "OTU-Based Approaches";        }
28         
29         string getHelpString(); 
30     string getOutputPattern(string);    
31         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.rabund"; }
32         string getDescription()         { return "creates a rabund file"; }
33
34         
35         int execute(); 
36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }  
37         
38         
39 private:
40         
41         string filename, listfile, sabundfile, inputfile, format, outputDir, countfile;
42         ofstream out;
43         vector<string> outputNames;
44
45         bool abort, allLines, sorted;
46         set<string> labels; //holds labels to be used
47         string label;
48
49         int processList(ofstream& out);
50     int createRabund(CountTable& ct, ListVector*& list, RAbundVector*& rabund);
51 };
52
53 #endif
54