getoturepcommand.h

   1 #ifndef GETOTUREPCOMMAND_H
   2 #define GETOTUREPCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  getoturepcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12  /* The get.oturep command outputs a .fastarep file for each distance you specify, selecting one OTU representative for each bin. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16 #include "sparsematrix.hpp"
  17 #include "listvector.hpp"
  18 #include "inputdata.h"
  19 #include "readotu.h"
  20 #include "fastamap.h"
  21 #include "groupmap.h"
  22
  23 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  24 typedef map<int, float> SeqMap;
  25
  26 class GetOTURepCommand : public Command {
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  28 public:
  29         GetOTURepCommand(string);
  30         ~GetOTURepCommand();
  31         int execute();
  32         void help();
  33
  34 private:
  35         GlobalData* globaldata;
  36         SparseMatrix* matrix;
  37         ListVector* list;
  38         ReadOTUFile* read;
  39         InputData* input;
  40         FastaMap* fasta;
  41         GroupMap* groupMap;
  42         string filename, fastafile, listfile, namesfile, groupfile, label;
  43         ofstream out;
  44         ifstream in, inNames;
  45         bool groupError;
  46
  47         bool abort, allLines;
  48         set<string> labels; //holds labels to be used
  49         map<string, int> nameToIndex;  //maps sequence name to index in sparsematrix
  50
  51         vector<SeqMap> seqVec;                  // contains maps with sequence index and distance
  52                                                                         // for all distances related to a certain sequence
  53
  54
  55         void readNamesFile();
  56         int process(ListVector*);
  57         string findRep(int, string&, ListVector*, int&);        // returns the name of the "representative" sequence of given bin,
  58                                                                         // fills a string containing the groups in that bin if a groupfile is given,
  59                                                                         // and returns the number of sequences in the given bin
  60
  61 };
  62
  63 #endif
  64