getoturepcommand.h

   1 #ifndef GETOTUREPCOMMAND_H
   2 #define GETOTUREPCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  getoturepcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12  /* The get.oturep command outputs a .fastarep file for each distance you specify, selecting one OTU representative for each bin. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16 #include "listvector.hpp"
  17 #include "inputdata.h"
  18 #include "readotu.h"
  19 #include "fastamap.h"
  20 #include "groupmap.h"
  21
  22 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  23 typedef map<int, float> SeqMap;
  24
  25 struct repStruct {
  26                 string name;
  27                 int     bin;
  28                 int size;
  29                 string group;
  30
  31                 repStruct(){}
  32                 repStruct(string n, int b, int s, string g) : name(n), bin(b), size(s), group(g) {}
  33                 ~repStruct() {}
  34 };
  35
  36 class GetOTURepCommand : public Command {
  37
  38 public:
  39         GetOTURepCommand(string);
  40         ~GetOTURepCommand();
  41         int execute();
  42         void help();
  43
  44 private:
  45         GlobalData* globaldata;
  46         ListVector* list;
  47         ReadOTUFile* read;
  48         InputData* input;
  49         FastaMap* fasta;
  50         GroupMap* groupMap;
  51         string filename, fastafile, listfile, namesfile, groupfile, label, sorted, phylipfile, columnfile, namefile;
  52         ofstream out;
  53         ifstream in, inNames;
  54         bool abort, allLines, groupError;
  55         set<string> labels; //holds labels to be used
  56         map<string, int> nameToIndex;  //maps sequence name to index in sparsematrix
  57
  58         void readNamesFile();
  59         int process(ListVector*);
  60         string findRep(int, string&, ListVector*, int&);        // returns the name of the "representative" sequence of given bin,
  61                                                                         // fills a string containing the groups in that bin if a groupfile is given,
  62                                                                         // and returns the number of sequences in the given bin
  63
  64 };
  65
  66 #endif
  67