getoturepcommand.h

   1 #ifndef GETOTUREPCOMMAND_H
   2 #define GETOTUREPCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  getoturepcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "globaldata.hpp"
  14 #include "sparsematrix.hpp"
  15 #include "listvector.hpp"
  16 #include "inputdata.h"
  17 #include "readmatrix.hpp"
  18 #include "fastamap.h"
  19
  20
  21 class GlobalData;
  22
  23 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  24
  25 class GetOTURepCommand : public Command {
  26
  27 public:
  28         GetOTURepCommand();
  29         ~GetOTURepCommand();
  30         int execute();
  31
  32 private:
  33         GlobalData* globaldata;
  34         SparseMatrix* matrix;
  35         ListVector* list;
  36         ListVector* listOfNames;
  37         ReadMatrix* read;
  38         InputData* input;
  39         FastaMap* fasta;
  40         string filename, fastafile, namesfile;
  41         ofstream out;
  42         ifstream in, inNames;
  43
  44
  45         map<string, int> nameToIndex;  //maps sequence name to index in sparsematrix
  46         map<int, string>::iterator it;
  47         map<int, string>::iterator it2;
  48         map<string, int>::iterator it3;
  49
  50         void readNamesFile();
  51         string FindRep(int); // returns name of "representative" sequence of given bin.
  52
  53 };
  54
  55 #endif
  56