getoturepcommand.h

   1 #ifndef GETOTUREPCOMMAND_H
   2 #define GETOTUREPCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  getoturepcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12  /* The get.oturep command outputs a .fastarep file for each distance you specify, selecting one OTU representative for each bin. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16 #include "sparsematrix.hpp"
  17 #include "listvector.hpp"
  18 #include "inputdata.h"
  19 #include "readotu.h"
  20 #include "fastamap.h"
  21 #include "groupmap.h"
  22
  23 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  24 typedef map<int, float> SeqMap;
  25
  26 struct repStruct {
  27                 string name;
  28                 int     bin;
  29                 int size;
  30                 string group;
  31
  32                 repStruct(){}
  33                 repStruct(string n, int b, int s, string g) : name(n), bin(b), size(s), group(g) {}
  34                 ~repStruct() {}
  35 };
  36
  37 class GetOTURepCommand : public Command {
  38
  39 public:
  40         GetOTURepCommand(string);
  41         ~GetOTURepCommand();
  42         int execute();
  43         void help();
  44
  45 private:
  46         GlobalData* globaldata;
  47         SparseMatrix* matrix;
  48         ListVector* list;
  49         ReadOTUFile* read;
  50         InputData* input;
  51         FastaMap* fasta;
  52         GroupMap* groupMap;
  53         string filename, fastafile, listfile, namesfile, groupfile, label, sorted;
  54         ofstream out;
  55         ifstream in, inNames;
  56         bool groupError;
  57
  58         bool abort, allLines;
  59         set<string> labels; //holds labels to be used
  60         map<string, int> nameToIndex;  //maps sequence name to index in sparsematrix
  61
  62         vector<SeqMap> seqVec;                  // contains maps with sequence index and distance
  63                                                                         // for all distances related to a certain sequence
  64
  65
  66         void readNamesFile();
  67         int process(ListVector*);
  68         string findRep(int, string&, ListVector*, int&);        // returns the name of the "representative" sequence of given bin,
  69                                                                         // fills a string containing the groups in that bin if a groupfile is given,
  70                                                                         // and returns the number of sequences in the given bin
  71
  72 };
  73
  74 #endif
  75