getoturepcommand.h

   1 #ifndef GETOTUREPCOMMAND_H
   2 #define GETOTUREPCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  getoturepcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12  /* The get.oturep command outputs a .fastarep file for each distance you specify, selecting one OTU representative for each bin. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16 #include "sparsematrix.hpp"
  17 #include "listvector.hpp"
  18 #include "inputdata.h"
  19 #include "readotu.h"
  20 #include "fastamap.h"
  21 #include "groupmap.h"
  22
  23 class GlobalData;
  24
  25 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  26
  27 class GetOTURepCommand : public Command {
  28
  29 public:
  30         GetOTURepCommand(string);
  31         ~GetOTURepCommand();
  32         int execute();
  33         void help();
  34
  35 private:
  36         GlobalData* globaldata;
  37         SparseMatrix* matrix;
  38         ListVector* list;
  39         ReadOTUFile* read;
  40         InputData* input;
  41         FastaMap* fasta;
  42         GroupMap* groupMap;
  43         string filename, fastafile, listfile, namesfile, groupfile, line, label;
  44         ofstream out;
  45         ifstream in, inNames;
  46         bool groupError;
  47         OptionParser* parser;
  48         map<string, string> parameters;
  49         map<string, string>::iterator it4;
  50         bool abort, allLines;
  51         set<int> lines; //hold lines to be used
  52         set<string> labels; //holds labels to be used
  53         map<string, int> nameToIndex;  //maps sequence name to index in sparsematrix
  54         map<int, string>::iterator it;
  55         map<int, string>::iterator it2;
  56         map<string, int>::iterator it3;
  57
  58         void readNamesFile();
  59         int process(ListVector*);
  60         string FindRep(int, string&, ListVector*); // returns name of "representative" sequence of given bin. //and fill a string containing the groups in that bin if a groupfile is given
  61
  62 };
  63
  64 #endif
  65