getoturepcommand.h

   1 #ifndef GETOTUREPCOMMAND_H
   2 #define GETOTUREPCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  getoturepcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12  /* The get.oturep command outputs a .fastarep file for each distance you specify, selecting one OTU representative for each bin. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "listvector.hpp"
  16 #include "inputdata.h"
  17 #include "fastamap.h"
  18 #include "groupmap.h"
  19 #include "readmatrix.hpp"
  20 #include "formatmatrix.h"
  21 #include "counttable.h"
  22
  23 typedef map<int, float> SeqMap;
  24
  25 struct repStruct {
  26                 string name;
  27                 string bin;
  28         int simpleBin;
  29                 int size;
  30                 string group;
  31
  32                 repStruct(){}
  33                 repStruct(string n, string b, int sb, int s, string g) : name(n), bin(b), size(s), group(g), simpleBin(sb) { }
  34                 ~repStruct() {}
  35 };
  36
  37 class GetOTURepCommand : public Command {
  38
  39 public:
  40         GetOTURepCommand(string);
  41         GetOTURepCommand();
  42         ~GetOTURepCommand(){}
  43
  44         vector<string> setParameters();
  45         string getCommandName()                 { return "get.oturep";                          }
  46         string getCommandCategory()             { return "OTU-Based Approaches";        }
  47
  48         string getHelpString();
  49     string getOutputPattern(string);
  50         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.oturep"; }
  51         string getDescription()         { return "gets a representative sequence for each OTU"; }
  52
  53
  54         int execute();
  55         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  56
  57
  58 private:
  59         ListVector* list;
  60         GroupMap* groupMap;
  61         ReadMatrix* readMatrix;
  62         FormatMatrix* formatMatrix;
  63         NameAssignment* nameMap;
  64     CountTable ct;
  65         string filename, fastafile, listfile, namefile, groupfile, label, sorted, phylipfile, countfile, columnfile, distFile, format, outputDir, groups, method;
  66         ofstream out;
  67         ifstream in, inNames, inRow;
  68         bool abort, allLines, groupError, large, weighted, hasGroups;
  69         set<string> labels; //holds labels to be used
  70         map<string, int> nameToIndex;  //maps sequence name to index in sparsematrix
  71         map<string, string> nameFileMap;
  72         vector<string> outputNames, Groups;
  73         map<string, string> outputNameFiles;
  74         float cutoff;
  75         int precision;
  76         vector<SeqMap> seqVec;                  // contains maps with sequence index and distance
  77                                                                         // for all distances related to a certain sequence
  78         vector<int> rowPositions;
  79
  80         void readNamesFile(FastaMap*&);
  81         void readNamesFile(bool);
  82         int process(ListVector*);
  83         SeqMap getMap(int);
  84         string findRep(vector<string>, string);         // returns the name of the "representative" sequence of given bin or subset of a bin, for groups
  85     string findRepAbund(vector<string>, string);
  86         int processNames(string, string);
  87         int processFastaNames(string, string, FastaMap*&);
  88     int readDist();
  89 };
  90
  91 #endif
  92