getotulabelscommand.h

   1 #ifndef Mothur_getotulabelscommand_h
   2 #define Mothur_getotulabelscommand_h
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   5 //  getotulabelscommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 5/21/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
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  13 #include "command.hpp"
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  15 /**************************************************************************************************/
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  17 class GetOtuLabelsCommand : public Command {
  18 public:
  19     GetOtuLabelsCommand(string);
  20     GetOtuLabelsCommand();
  21     ~GetOtuLabelsCommand(){}
  22
  23     vector<string> setParameters();
  24     string getCommandName()                     { return "get.otulabels";          }
  25     string getCommandCategory()         { return "OTU-Based Approaches";        }
  26
  27         string getHelpString();
  28     string getOutputPattern(string);
  29     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.otulabels"; }
  30     string getDescription()             { return "Can be used with output from classify.otu, otu.association, or corr.axes to select specific otus."; }
  31
  32     int execute();
  33     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  34
  35 private:
  36     bool abort;
  37     string outputDir, accnosfile, constaxonomyfile, otucorrfile, corraxesfile;
  38     vector<string> outputNames;
  39     set<string> labels;
  40
  41     int readClassifyOtu();
  42     int readOtuAssociation();
  43     int readCorrAxes();
  44 };
  45
  46 /**************************************************************************************************/
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  52
  53 #endif