getotulabelscommand.h

   1 #ifndef Mothur_getotulabelscommand_h
   2 #define Mothur_getotulabelscommand_h
   3
   4 //
   5 //  getotulabelscommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 5/21/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 /**************************************************************************************************/
  16
  17 class GetOtuLabelsCommand : public Command {
  18 public:
  19     GetOtuLabelsCommand(string);
  20     GetOtuLabelsCommand();
  21     ~GetOtuLabelsCommand(){}
  22
  23     vector<string> setParameters();
  24     string getCommandName()                     { return "get.otulabels";          }
  25     string getCommandCategory()         { return "OTU-Based Approaches";        }
  26     string getOutputFileNameTag(string, string);
  27         string getHelpString();
  28     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.otulabels"; }
  29     string getDescription()             { return "Can be used with output from classify.otu, otu.association, or corr.axes to select specific otus."; }
  30
  31     int execute();
  32     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  33
  34 private:
  35     bool abort;
  36     string outputDir, accnosfile, constaxonomyfile, otucorrfile, corraxesfile;
  37     vector<string> outputNames;
  38     set<string> labels;
  39
  40     int readClassifyOtu();
  41     int readOtuAssociation();
  42     int readCorrAxes();
  43 };
  44
  45 /**************************************************************************************************/
  46
  47
  48
  49
  50
  51
  52 #endif