getmimarkspackagecommand.h

   1 //
   2 //  getmimarkspackagecommand.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by Sarah Westcott on 3/25/14.
   6 //  Copyright (c) 2014 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_getmimarkspackagecommand_h
  10 #define Mothur_getmimarkspackagecommand_h
  11
  12 #include "command.hpp"
  13
  14 /**************************************************************************************************/
  15
  16 class GetMIMarksPackageCommand : public Command {
  17 public:
  18     GetMIMarksPackageCommand(string);
  19     GetMIMarksPackageCommand();
  20     ~GetMIMarksPackageCommand(){}
  21
  22     vector<string> setParameters();
  23     string getCommandName()                     { return "get.mimarkspackage";                  }
  24     string getCommandCategory()         { return "Sequence Processing";         }
  25
  26     string getOutputPattern(string);
  27         string getHelpString();
  28     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/get.mimarkspackage"; }
  29     string getDescription()             { return "create blank mimarks package form for sra command"; }
  30
  31     int execute();
  32     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  33
  34 private:
  35     bool abort, requiredonly;
  36     string oligosfile, groupfile, package, inputfile, file;
  37     string outputDir;
  38     vector<string> outputNames, Groups;
  39     set<string> uniqueNames;
  40
  41     int readOligos();
  42     int readFile();
  43 };
  44
  45 /**************************************************************************************************/
  46
  47
  48
  49
  50 #endif