getlabelcommand.cpp

   1 /*
   2  *  GetlabelCommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 1/30/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
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   8  */
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  10 #include "getlabelcommand.h"
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  14 GetlabelCommand::GetlabelCommand(){
  15         try {
  16                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  17         }
  18         catch(exception& e) {
  19                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlabelCommand class Function GetlabelCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  20                 exit(1);
  21         }
  22         catch(...) {
  23                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlabelCommand class function GetlabelCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  24                 exit(1);
  25         }
  26
  27 }
  28
  29 //**********************************************************************************************************************
  30
  31 GetlabelCommand::~GetlabelCommand(){
  32 }
  33
  34 //**********************************************************************************************************************
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  36 int GetlabelCommand::execute(){
  37         try {
  38                 filename = globaldata->inputFileName;
  39                 ifstream in;
  40                 openInputFile(filename, in);
  41                 string label;
  42                 int numBins = 0;
  43                 int count = -1;
  44                 while(in.good()) {
  45                         if(count > numBins)
  46                                 count = 0;
  47                         if(count == 0) {
  48                                 cout << label << "\n";
  49                                 in >> numBins;
  50                         }
  51                         in >> label;
  52                         count++;
  53                 }
  54                 return 0;
  55         }
  56
  57         catch(exception& e) {
  58                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlabelCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  59                 exit(1);
  60         }
  61         catch(...) {
  62                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlabelCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  63                 exit(1);
  64         }
  65 }
  66