getgroupcommand.cpp

   1 /*
   2  *  getgroupcommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 2/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "getgroupcommand.h"
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  13 GetgroupCommand::GetgroupCommand(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16
  17                 //open shared file
  18                 sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  19                 openInputFile(sharedfile, in);
  20
  21                 //open output file
  22                 outputFile = getRootName(globaldata->inputFileName) + "bootGroups";
  23                 openOutputFile(outputFile, out);
  24         }
  25         catch(exception& e) {
  26                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetgroupCommand class Function GetgroupCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  27                 exit(1);
  28         }
  29         catch(...) {
  30                 cout << "An unknown error has occurred in the GetgroupCommand class function GetgroupCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  31                 exit(1);
  32         }
  33
  34 }
  35
  36 //**********************************************************************************************************************
  37
  38 GetgroupCommand::~GetgroupCommand(){
  39 }
  40
  41 //**********************************************************************************************************************
  42
  43 int GetgroupCommand::execute(){
  44         try {
  45                 int num, inputData, count;
  46                 count = 0;
  47                 string holdLabel, nextLabel, groupN, label;
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  49                 //read in first row since you know there is at least 1 group.
  50                 in >> label >> groupN >> num;
  51                 holdLabel = label;
  52
  53                 //output first group
  54                 cout << groupN << endl;
  55                 out << groupN << '\t' << groupN << endl;
  56
  57                 //get rest of line
  58                 for(int i=0;i<num;i++){
  59                         in >> inputData;
  60                 }
  61
  62                 if (in.eof() != true) { in >> nextLabel; }
  63
  64                 //read the rest of the groups info in
  65                 while ((nextLabel == holdLabel) && (in.eof() != true)) {
  66                         in >> groupN >> num;
  67                         count++;
  68
  69                         //output next group
  70                         cout << groupN << endl;
  71                         out << groupN << '\t' << groupN << endl;
  72
  73                         //fill vector.
  74                         for(int i=0;i<num;i++){
  75                                 in >> inputData;
  76                         }
  77
  78                         if (in.eof() != true) { in >> nextLabel; }
  79                 }
  80
  81                 out.close();
  82                 return 0;
  83         }
  84
  85         catch(exception& e) {
  86                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetgroupCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  87                 exit(1);
  88         }
  89         catch(...) {
  90                 cout << "An unknown error has occurred in the GetgroupCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  91                 exit(1);
  92         }
  93 }
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