getgroupcommand.cpp

   1 /*
   2  *  getgroupcommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 2/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
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   8  */
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  10 #include "getgroupcommand.h"
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  13 GetgroupCommand::GetgroupCommand(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 groupMap = globaldata->gGroupmap;
  17                 outputFile = globaldata->inputFileName + ".bootGroups";
  18                 openOutputFile(outputFile, out);
  19         }
  20         catch(exception& e) {
  21                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetgroupCommand class Function GetgroupCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  22                 exit(1);
  23         }
  24         catch(...) {
  25                 cout << "An unknown error has occurred in the GetgroupCommand class function GetgroupCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  26                 exit(1);
  27         }
  28
  29 }
  30
  31 //**********************************************************************************************************************
  32
  33 GetgroupCommand::~GetgroupCommand(){
  34 }
  35
  36 //**********************************************************************************************************************
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  38 int GetgroupCommand::execute(){
  39         try {
  40                 vector<string> groupNames = groupMap->namesOfGroups;
  41                 for(int i = 0; i < groupNames.size(); i++) {
  42                         cout << groupNames[i] << "\n";
  43                         out << groupNames[i] << "\t" << groupNames[i] << "\n";
  44                 }
  45                 out.close();
  46                 return 0;
  47         }
  48
  49         catch(exception& e) {
  50                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetgroupCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53         catch(...) {
  54                 cout << "An unknown error has occurred in the GetgroupCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  55                 exit(1);
  56         }
  57 }
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