getgroupcommand.cpp

   1 /*
   2  *  getgroupcommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 2/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "getgroupcommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13 GetgroupCommand::GetgroupCommand(string option){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 abort = false;
  17
  18                 //allow user to run help
  19                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  20
  21                 else {
  22                         if (option != "") { cout << "There are no valid parameters for the get.group command." << endl; abort = true; }
  23
  24                         if ((globaldata->getSharedFile() == "")) { cout << "You must use the read.otu command to read a groupfile or a sharedfile before you can use the get.group command." << endl; abort = true; }
  25
  26                         if (abort == false) {
  27                                 //open shared file
  28                                 sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  29                                 openInputFile(sharedfile, in);
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  31                                 //open output file
  32                                 outputFile = getRootName(sharedfile) + "bootGroups";
  33                                 openOutputFile(outputFile, out);
  34
  35                         }
  36                 }
  37         }
  38         catch(exception& e) {
  39                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetgroupCommand class Function GetgroupCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  40                 exit(1);
  41         }
  42         catch(...) {
  43                 cout << "An unknown error has occurred in the GetgroupCommand class function GetgroupCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  44                 exit(1);
  45         }
  46
  47 }
  48 //**********************************************************************************************************************
  49
  50 void GetgroupCommand::help(){
  51         try {
  52                 cout << "The get.group command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
  53                 //cout << "The get.group command outputs a .bootGroups file to you can use in addition to the tree file generated by the bootstrap.shared command to run the concensus command." << "\n";
  54                 cout << "You may not use any parameters with the get.group command." << "\n";
  55                 cout << "The get.group command should be in the following format: " << "\n";
  56                 cout << "get.group()" << "\n";
  57                 cout << "Example get.group()." << "\n";
  58
  59         }
  60         catch(exception& e) {
  61                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetgroupCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  62                 exit(1);
  63         }
  64         catch(...) {
  65                 cout << "An unknown error has occurred in the GetgroupCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  66                 exit(1);
  67         }
  68 }
  69
  70 //**********************************************************************************************************************
  71
  72 GetgroupCommand::~GetgroupCommand(){
  73 }
  74
  75 //**********************************************************************************************************************
  76
  77 int GetgroupCommand::execute(){
  78         try {
  79
  80                 if (abort == true) { return 0; }
  81
  82                 int num, inputData, count;
  83                 count = 0;
  84                 string holdLabel, nextLabel, groupN, label;
  85
  86                 //read in first row since you know there is at least 1 group.
  87                 in >> label >> groupN >> num;
  88                 holdLabel = label;
  89
  90                 //output first group
  91                 cout << groupN << endl;
  92                 out << groupN << '\t' << groupN << endl;
  93
  94                 //get rest of line
  95                 for(int i=0;i<num;i++){
  96                         in >> inputData;
  97                 }
  98
  99                 if (in.eof() != true) { in >> nextLabel; }
 100
 101                 //read the rest of the groups info in
 102                 while ((nextLabel == holdLabel) && (in.eof() != true)) {
 103                         in >> groupN >> num;
 104                         count++;
 105
 106                         //output next group
 107                         cout << groupN << endl;
 108                         out << groupN << '\t' << groupN << endl;
 109
 110                         //fill vector.
 111                         for(int i=0;i<num;i++){
 112                                 in >> inputData;
 113                         }
 114
 115                         if (in.eof() != true) { in >> nextLabel; }
 116                 }
 117
 118                 out.close();
 119                 return 0;
 120         }
 121
 122         catch(exception& e) {
 123                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetgroupCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 124                 exit(1);
 125         }
 126         catch(...) {
 127                 cout << "An unknown error has occurred in the GetgroupCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 128                 exit(1);
 129         }
 130 }
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 132