fullmatrix.h

   1 #ifndef FULLMATRIX_H
   2 #define FULLMATRIX_H
   3 /*
   4  *  fullmatrix.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 3/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "progress.hpp"
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 struct Names {
  20         string          groupname;
  21         string          seqName;
  22 };
  23
  24 struct Swap {
  25         int             a;
  26         int             b;
  27 };
  28
  29
  30 class FullMatrix {
  31
  32         public:
  33                 FullMatrix(){};
  34                 FullMatrix(ifstream&);
  35                 ~FullMatrix(){};
  36
  37                 int getNumSeqs();
  38                 void printMatrix(ostream&);
  39                 void setBounds();  //requires globaldata->Groups to be filled
  40                 vector<float> getMins(int); //returns vector of mins for "box" requested ie. groups A, B, 0 = AA, 1 = AB, 2 = BA, 3 = BB;
  41                 void getDist(vector<float>&);  //fills a vector with the valid distances for the integral form.
  42                 void shuffle(string, string);  //shuffles the sequences in the groups passed in.
  43                 void restore();  //unshuffles the matrix.
  44
  45         private:
  46                 void sortGroups(int, int);  //this function sorts the sequences within the matrix.
  47                 void getBounds(int&, string);
  48                 void readSquareMatrix(ifstream&);
  49                 void readLTMatrix(ifstream&);
  50                 void printMinsForRows(ostream&);
  51
  52                 map<int, Names> index; // row in vector, sequence group.  need to know this so when we sort it can be updated.
  53                 map<int, Swap> restoreIndex; //a map of the swaps made so you can undo them in restore.
  54                 map<int, Names>::iterator it;
  55                 map<int, Swap>::reverse_iterator it2;
  56
  57                 vector< vector<float> > matrix;  //a 2D distance matrix of all the sequences and their distances to eachother.
  58                 vector<float> minsForRows;  //vector< minimum distance for that subrow> - one for each comparison.
  59                 vector<int> bounds;  //bounds[1] = starting row in matrix from group B, bounds[2] = starting row in matrix from group C, bounds[3] = no need to find upper bound of C because its numSeqs.
  60
  61                 GroupMap* groupmap;  //maps sequences to groups they belong to.
  62                 GlobalData* globaldata;
  63                 int numSeqs, numGroups, numUserGroups;
  64                 bool square;
  65
  66 };
  67
  68 #endif