fullmatrix.h

   1 #ifndef FULLMATRIX_H
   2 #define FULLMATRIX_H
   3 /*
   4  *  fullmatrix.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 3/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14
  15 class FullMatrix {
  16
  17 public:
  18         FullMatrix(){};
  19         FullMatrix(ifstream&);
  20         ~FullMatrix(){};
  21
  22         int getNumSeqs();
  23
  24 private:
  25         void sortGroups();  //this function sorts the sequences within the matrix.
  26         vector< vector<float> > matrix;  //a 2D distance matrix of all the sequences and their distances to eachother.
  27         GroupMap* groupmap;  //maps sequences to groups they belong to.
  28         int numSeqs;
  29
  30 };
  31
  32 #endif