formatmatrix.h

   1 #ifndef FORMATMATRIX_H
   2 #define FORMATMATRIX_H
   3
   4 /*
   5  *  formatmatrix.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 1/13/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "listvector.hpp"
  15 #include "nameassignment.hpp"
  16
  17
  18 //**********************************************************************************************************************
  19
  20 class FormatMatrix {
  21
  22 public:
  23         FormatMatrix(){ }
  24         virtual ~FormatMatrix() {}
  25
  26         virtual void read(NameAssignment*){};
  27
  28         void setCutoff(float c)                 {       cutoff = c;                     }
  29         ListVector* getListVector()             {       return list;            }
  30         string getFormattedFileName()   {       return distFile;        }
  31         vector<int> getRowPositions()   {       return rowPos;          }
  32
  33 protected:
  34         ListVector* list;
  35         float cutoff;
  36         string distFile;
  37         vector<int> rowPos;
  38 };
  39
  40 //**********************************************************************************************************************
  41
  42 #endif
  43