filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  filterseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "sequence.hpp"
  16
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {
  18
  19 public:
  20         FilterSeqsCommand();
  21         ~FilterSeqsCommand() {};
  22         int execute();
  23
  24 private:
  25         void doHard();
  26         void doTrump(Sequence);
  27         void doVertical();
  28         void doSoft();
  29         void getFreqs(Sequence);
  30         string filter;
  31         int alignmentLength;
  32
  33         char trump;
  34         bool vertical;
  35         float soft;
  36         int numSeqs;
  37
  38         GlobalData* globaldata;
  39         vector<int> a, t, g, c, gap;
  40
  41 };
  42
  43 #endif