filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   3 \r
   4 /*\r
   5  *  filterseqscommand.h\r
   6  *  Mothur\r
   7  *\r
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.\r
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.\r
  10  *\r
  11  */\r
  12 \r
  13 #include "command.hpp"\r
  14 #include "filters.h"\r
  15 \r
  16 class Sequence;\r
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {\r
  18 \r
  19 public:\r
  20         FilterSeqsCommand(string);\r
  21         ~FilterSeqsCommand() {};\r
  22         int execute();  \r
  23         void help();\r
  24         \r
  25 private:\r
  26         struct linePair {\r
  27                 int start;\r
  28                 int num;\r
  29                 linePair(long int i, long int j) : start(i), num(j) {}\r
  30         };\r
  31         vector<linePair*> lines;\r
  32         vector<int> processIDS;\r
  33 \r
  34         string vertical, filter, fasta, hard, outputDir, filterFileName;\r
  35         vector<string> fastafileNames;  \r
  36         int alignmentLength, processors;\r
  37         vector<int> bufferSizes;\r
  38         vector<string> outputNames;\r
  39 \r
  40         char trump;\r
  41         bool abort;\r
  42         float soft;\r
  43         int numSeqs;\r
  44         \r
  45         string createFilter();\r
  46         int filterSequences();\r
  47         int createProcessesCreateFilter(Filters&, string);\r
  48         int createProcessesRunFilter(string, string);\r
  49         int driverRunFilter(string, string, string, linePair*);\r
  50         int driverCreateFilter(Filters& F, string filename, linePair* line);\r
  51         #ifdef USE_MPI\r
  52         int driverMPIRun(int, int, MPI_File&, MPI_File&, vector<long>&);\r
  53         int MPICreateFilter(int, int, Filters&, MPI_File&, vector<long>&);      \r
  54         #endif\r
  55         int setLines(string);\r
  56         \r
  57         \r
  58 };\r
  59 \r
  60 #endif\r