filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  filterseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "filters.h"
  15 #include "mpi.h"
  16
  17 class Sequence;
  18 class FilterSeqsCommand : public Command {
  19
  20 public:
  21         FilterSeqsCommand(string);
  22         ~FilterSeqsCommand() {};
  23         int execute();
  24         void help();
  25
  26 private:
  27         struct linePair {
  28                 int start;
  29                 int numSeqs;
  30                 linePair(long int i, int j) : start(i), numSeqs(j) {}
  31         };
  32         vector<linePair*> lines;
  33         vector<int> processIDS;
  34
  35         string vertical, filter, fasta, hard, outputDir, filterFileName;
  36         vector<string> fastafileNames;
  37         int alignmentLength, processors;
  38         vector<int> bufferSizes;
  39         vector<string> outputNames;
  40
  41         char trump;
  42         bool abort;
  43         float soft;
  44         int numSeqs;
  45
  46         string createFilter();
  47         int filterSequences();
  48         int createProcessesCreateFilter(Filters&, string);
  49         int createProcessesRunFilter(string, string);
  50         int driverCreateFilter(Filters&, string, linePair*);
  51         int driverRunFilter(string, string, string, linePair*);
  52         int driverMPIRun(istringstream&, MPI_File&);
  53         int MPICreateFilter(Filters&, string);
  54         int setLines(string);
  55         int parseBuffer(string, vector<string>&);
  56
  57 };
  58
  59 #endif