filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   3 \r
   4 /*\r
   5  *  filterseqscommand.h\r
   6  *  Mothur\r
   7  *\r
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.\r
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.\r
  10  *\r
  11  */\r
  12 \r
  13 #include "command.hpp"\r
  14 #include "filters.h"\r
  15 \r
  16 class Sequence;\r
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {\r
  18 \r
  19 public:\r
  20         FilterSeqsCommand(string);\r
  21         FilterSeqsCommand();\r
  22         ~FilterSeqsCommand() {};\r
  23         \r
  24         vector<string> setParameters();\r
  25         string getCommandName()                 { return "filter.seqs";                 }\r
  26         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }\r
  27         string getHelpString(); \r
  28         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Filter.seqs"; }\r
  29         string getDescription()         { return "removes columns from alignments based on a criteria defined by the user"; }\r
  30         \r
  31         int execute(); \r
  32         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }  \r
  33         \r
  34 private:\r
  35         struct linePair {\r
  36                 unsigned long int start;\r
  37                 unsigned long int end;\r
  38                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}\r
  39         };\r
  40 \r
  41         vector<linePair*> lines;\r
  42         vector<int> processIDS;\r
  43 \r
  44         string vertical, filter, fasta, hard, outputDir, filterFileName;\r
  45         vector<string> fastafileNames;  \r
  46         int alignmentLength, processors;\r
  47         vector<int> bufferSizes;\r
  48         vector<string> outputNames;\r
  49 \r
  50         char trump;\r
  51         bool abort;\r
  52         float soft;\r
  53         int numSeqs;\r
  54         \r
  55         string createFilter();\r
  56         int filterSequences();\r
  57         int createProcessesCreateFilter(Filters&, string);\r
  58         int createProcessesRunFilter(string, string);\r
  59         int driverRunFilter(string, string, string, linePair*);\r
  60         int driverCreateFilter(Filters& F, string filename, linePair* line);\r
  61         #ifdef USE_MPI\r
  62         int driverMPIRun(int, int, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);\r
  63         int MPICreateFilter(int, int, Filters&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&); \r
  64         #endif\r
  65         \r
  66 };\r
  67 \r
  68 #endif\r