filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   3 \r
   4 /*\r
   5  *  filterseqscommand.h\r
   6  *  Mothur\r
   7  *\r
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.\r
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.\r
  10  *\r
  11  */\r
  12 \r
  13 #include "command.hpp"\r
  14 #include "filters.h"\r
  15 \r
  16 class Sequence;\r
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {\r
  18 \r
  19 public:\r
  20         FilterSeqsCommand(string);\r
  21         FilterSeqsCommand();\r
  22         ~FilterSeqsCommand() {};\r
  23         \r
  24         vector<string> setParameters();\r
  25         string getCommandName()                 { return "filter.seqs";                 }\r
  26         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }\r
  27         string getHelpString(); \r
  28         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Filter.seqs"; }\r
  29         string getDescription()         { return "removes columns from alignments based on a criteria defined by the user"; }\r
  30         \r
  31         int execute(); \r
  32         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }  \r
  33         \r
  34 private:\r
  35         struct linePair {\r
  36                 unsigned long long start;\r
  37                 unsigned long long end;\r
  38                 linePair(unsigned long long i, unsigned long long j) : start(i), end(j) {}\r
  39         };\r
  40 \r
  41         vector<linePair*> lines;\r
  42         vector<int> processIDS;\r
  43     map<int, vector<unsigned long long> > savedPositions;\r
  44 \r
  45         string vertical, filter, fasta, hard, outputDir, filterFileName;\r
  46         vector<string> fastafileNames;  \r
  47         int alignmentLength, processors;\r
  48         vector<int> bufferSizes;\r
  49         vector<string> outputNames;\r
  50 \r
  51         char trump;\r
  52         bool abort;\r
  53         float soft;\r
  54         int numSeqs;\r
  55         \r
  56         string createFilter();\r
  57         int filterSequences();\r
  58         int createProcessesCreateFilter(Filters&, string);\r
  59         int createProcessesRunFilter(string, string, string);\r
  60         int driverRunFilter(string, string, string, linePair*);\r
  61         int driverCreateFilter(Filters& F, string filename, linePair* line);\r
  62         #ifdef USE_MPI\r
  63         int driverMPIRun(int, int, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long long>&);\r
  64         int MPICreateFilter(int, int, Filters&, MPI_File&, vector<unsigned long long>&);        \r
  65         #endif\r
  66         \r
  67 };\r
  68 \r
  69 \r
  70 /**************************************************************************************************/\r
  71 //custom data structure for threads to use.\r
  72 // This is passed by void pointer so it can be any data type\r
  73 // that can be passed using a single void pointer (LPVOID).\r
  74 struct filterData {\r
  75         Filters F;\r
  76     int count, tid, alignmentLength;\r
  77     unsigned long long start, end;\r
  78     MothurOut* m;\r
  79     string filename, vertical, hard;\r
  80     char trump;\r
  81     float soft;\r
  82         \r
  83         filterData(){}\r
  84         filterData(string fn, MothurOut* mout, unsigned long long st, unsigned long long en, int aLength, char tr, string vert, float so, string ha, int t) {\r
  85         filename = fn;\r
  86                 m = mout;\r
  87                 start = st;\r
  88                 end = en;\r
  89         tid = t;\r
  90         trump = tr;\r
  91         alignmentLength = aLength;\r
  92         vertical = vert;\r
  93         soft = so;\r
  94         hard = ha;\r
  95                 count = 0;\r
  96         }\r
  97 };\r
  98 /**************************************************************************************************/\r
  99 //custom data structure for threads to use.\r
 100 // This is passed by void pointer so it can be any data type\r
 101 // that can be passed using a single void pointer (LPVOID).\r
 102 struct filterRunData {\r
 103     int count, tid, alignmentLength;\r
 104     unsigned long long start, end;\r
 105     MothurOut* m;\r
 106     string filename;\r
 107     string filter, outputFilename;\r
 108         \r
 109         filterRunData(){}\r
 110         filterRunData(string f, string fn, string ofn, MothurOut* mout, unsigned long long st, unsigned long long en, int aLength, int t) {\r
 111         filter = f;\r
 112         outputFilename = ofn;\r
 113         filename = fn;\r
 114                 m = mout;\r
 115                 start = st;\r
 116                 end = en;\r
 117         tid = t;\r
 118         alignmentLength = aLength;\r
 119                 count = 0;\r
 120         }\r
 121 };\r
 122 \r
 123 /**************************************************************************************************/\r
 124 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)\r
 125 #else\r
 126 static DWORD WINAPI MyCreateFilterThreadFunction(LPVOID lpParam){ \r
 127         filterData* pDataArray;\r
 128         pDataArray = (filterData*)lpParam;\r
 129         \r
 130         try {\r
 131 \r
 132                 if (pDataArray->soft != 0)                      {  pDataArray->F.setSoft(pDataArray->soft);             }\r
 133                 if (pDataArray->trump != '*')           {  pDataArray->F.setTrump(pDataArray->trump);   }\r
 134                 \r
 135                 pDataArray->F.setLength(pDataArray->alignmentLength);\r
 136                 \r
 137                 if(pDataArray->trump != '*' || pDataArray->m->isTrue(pDataArray->vertical) || pDataArray->soft != 0){\r
 138                         pDataArray->F.initialize();\r
 139                 }\r
 140                 \r
 141                 if(pDataArray->hard.compare("") != 0)   {       pDataArray->F.doHard(pDataArray->hard);         }\r
 142                 else                                            {       pDataArray->F.setFilter(string(pDataArray->alignmentLength, '1'));      }\r
 143         \r
 144                 ifstream in;\r
 145                 pDataArray->m->openInputFile(pDataArray->filename, in);\r
 146         \r
 147                 //print header if you are process 0\r
 148                 if ((pDataArray->start == 0) || (pDataArray->start == 1)) {\r
 149                         in.seekg(0);\r
 150                 }else { //this accounts for the difference in line endings. \r
 151                         in.seekg(pDataArray->start-1); pDataArray->m->gobble(in); \r
 152                 }\r
 153                 \r
 154                 pDataArray->count = pDataArray->end;\r
 155                 for(int i = 0; i < pDataArray->end; i++){ //end is the number of sequences to process\r
 156                         \r
 157                         if (pDataArray->m->control_pressed) { in.close(); pDataArray->count = 1; return 1; }\r
 158                         \r
 159                         Sequence current(in); pDataArray->m->gobble(in); \r
 160                         \r
 161                         if (current.getName() != "") {\r
 162                                 if (current.getAligned().length() != pDataArray->alignmentLength) { pDataArray->m->mothurOut("Sequences are not all the same length, please correct."); pDataArray->m->mothurOutEndLine(); pDataArray->m->control_pressed = true;  }\r
 163                 \r
 164                 if(pDataArray->trump != '*')                    {       pDataArray->F.doTrump(current);         }\r
 165                 if(pDataArray->m->isTrue(pDataArray->vertical) || pDataArray->soft != 0)        {       pDataArray->F.getFreqs(current);        }\r
 166                         }\r
 167             \r
 168             //report progress\r
 169                         if((i) % 100 == 0){     pDataArray->m->mothurOut(toString(i)); pDataArray->m->mothurOutEndLine();               }\r
 170                 }\r
 171                 \r
 172         if((pDataArray->count) % 100 != 0){     pDataArray->m->mothurOut(toString(pDataArray->count)); pDataArray->m->mothurOutEndLine();               }\r
 173         \r
 174                 in.close();\r
 175                 \r
 176                 return 0;\r
 177                 \r
 178         }\r
 179         catch(exception& e) {\r
 180                 pDataArray->m->errorOut(e, "FilterSeqsCommand", "MyCreateFilterThreadFunction");\r
 181                 exit(1);\r
 182         }\r
 183 } \r
 184 /**************************************************************************************************/\r
 185 static DWORD WINAPI MyRunFilterThreadFunction(LPVOID lpParam){ \r
 186         filterRunData* pDataArray;\r
 187         pDataArray = (filterRunData*)lpParam;\r
 188         \r
 189         try {\r
 190         \r
 191         ofstream out;\r
 192                 pDataArray->m->openOutputFile(pDataArray->outputFilename, out);\r
 193 \r
 194                 ifstream in;\r
 195                 pDataArray->m->openInputFile(pDataArray->filename, in);\r
 196         \r
 197                 //print header if you are process 0\r
 198                 if ((pDataArray->start == 0) || (pDataArray->start == 1)) {\r
 199                         in.seekg(0);\r
 200                 }else { //this accounts for the difference in line endings. \r
 201                         in.seekg(pDataArray->start-1); pDataArray->m->gobble(in); \r
 202                 }\r
 203                 \r
 204                 pDataArray->count = pDataArray->end;\r
 205                 for(int i = 0; i < pDataArray->end; i++){ //end is the number of sequences to process\r
 206                         \r
 207                         if (pDataArray->m->control_pressed) { in.close(); out.close(); pDataArray->count = 1; return 1; }\r
 208                         \r
 209                         Sequence seq(in); pDataArray->m->gobble(in);\r
 210             if (seq.getName() != "") {\r
 211                 string align = seq.getAligned();\r
 212                 string filterSeq = "";\r
 213                 \r
 214                 for(int j=0;j<pDataArray->alignmentLength;j++){\r
 215                     if(pDataArray->filter[j] == '1'){\r
 216                         filterSeq += align[j];\r
 217                     }\r
 218                 }\r
 219                 \r
 220                 out << '>' << seq.getName() << endl << filterSeq << endl;\r
 221             }\r
 222             \r
 223             //report progress\r
 224                         if((i) % 100 == 0){     pDataArray->m->mothurOut(toString(i)); pDataArray->m->mothurOutEndLine();               }\r
 225                 }\r
 226                 \r
 227         if((pDataArray->count) % 100 != 0){     pDataArray->m->mothurOut(toString(pDataArray->count)); pDataArray->m->mothurOutEndLine();               }\r
 228         \r
 229                 in.close();\r
 230         out.close();\r
 231                 \r
 232                 return 0;\r
 233                 \r
 234         }\r
 235         catch(exception& e) {\r
 236                 pDataArray->m->errorOut(e, "FilterSeqsCommand", "MyRunFilterThreadFunction");\r
 237                 exit(1);\r
 238         }\r
 239 } \r
 240 /**************************************************************************************************/\r
 241 #endif\r
 242 \r
 243 \r
 244 #endif\r