filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  filterseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "sequence.hpp"
  16
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {
  18
  19 public:
  20         FilterSeqsCommand(string);
  21         ~FilterSeqsCommand() {};
  22         int execute();
  23         void help();
  24
  25 private:
  26         void doHard();
  27         void doTrump(Sequence);
  28         void doVertical();
  29         void doSoft();
  30         void getFreqs(Sequence);
  31         string vertical, filter, fastafile, hard;
  32         int alignmentLength;
  33
  34         char trump;
  35         bool abort;
  36         float soft;
  37         int numSeqs;
  38         OptionParser* parser;
  39         map<string, string> parameters;
  40         map<string, string>::iterator it;
  41
  42         GlobalData* globaldata;
  43         vector<int> a, t, g, c, gap;
  44
  45 };
  46
  47 #endif