filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  filterseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 class Sequence;
  16 class FilterSeqsCommand : public Command {
  17
  18 public:
  19         FilterSeqsCommand(string);
  20         ~FilterSeqsCommand() {};
  21         int execute();
  22         void help();
  23
  24 private:
  25         void doHard();
  26         void doTrump(Sequence);
  27         void doVertical();
  28         void doSoft();
  29         void getFreqs(Sequence);
  30         string vertical, filter, fastafile, hard;
  31         int alignmentLength;
  32
  33         char trump;
  34         bool abort;
  35         float soft;
  36         int numSeqs;
  37
  38         vector<int> a, t, g, c, gap;
  39
  40 };
  41
  42 #endif