fileoutput.h

   1 #ifndef FILEOUTPUT_H
   2 #define FILEOUTPUT_H
   3
   4 #include "mothur.h"
   5
   6 /***********************************************************************/
   7
   8 class FileOutput {
   9
  10 public:
  11         FileOutput(){};
  12         ~FileOutput(){};
  13
  14         virtual void initFile(string) = 0;
  15         virtual void initFile(string, vector<string>) = 0;
  16         virtual void output(int, vector<double>) = 0;
  17         virtual void output(vector<double>) = 0;
  18         virtual void resetFile() = 0;
  19         virtual string getFileName() = 0;
  20
  21 protected:
  22         int renameOk;
  23
  24 };
  25
  26 /***********************************************************************/
  27
  28 class ThreeColumnFile : public FileOutput {
  29
  30 public:
  31         ThreeColumnFile(string n) : FileOutput(), inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") { };
  32         ~ThreeColumnFile();
  33         void initFile(string);
  34         void output(int, vector<double>);
  35         void resetFile();
  36         string getFileName()    { return inName;        };
  37
  38         void initFile(string, vector<string>){};
  39         void output(vector<double>) {};
  40
  41 private:
  42         string inName;
  43         string outName;
  44         ifstream inFile;
  45         ofstream outFile;
  46         int counter;
  47 };
  48
  49
  50 /***********************************************************************/
  51 class OneColumnFile : public FileOutput {
  52
  53
  54 public:
  55         OneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") {};
  56         ~OneColumnFile();
  57         void output(int, vector<double>);
  58         void initFile(string);
  59         void resetFile();
  60         string getFileName()    { return inName;        };
  61
  62         void initFile(string, vector<string>) {};
  63         void output(vector<double>) {};
  64
  65
  66 private:
  67         string outName;
  68         ifstream inFile;
  69         string inName;
  70         ofstream outFile;
  71         int counter;
  72 };
  73
  74 /***********************************************************************/
  75 class SharedOneColumnFile : public FileOutput {
  76
  77
  78 public:
  79         SharedOneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") {};
  80         ~SharedOneColumnFile();
  81         void output(int, vector<double>);
  82         void initFile(string);
  83         void resetFile();
  84         string getFileName()    { return inName;        };
  85
  86         void initFile(string, vector<string>) {};
  87         void output(vector<double>) {};
  88
  89
  90 private:
  91         string outName;
  92         ifstream inFile;
  93         string inName;
  94         ofstream outFile;
  95         int counter;
  96
  97 };
  98
  99 /***********************************************************************/
 100
 101 class SharedThreeColumnFile : public FileOutput {
 102
 103 public:
 104         SharedThreeColumnFile(string n, string groups) : FileOutput(), groupLabel(groups), inName(n), counter(0), numGroup(1), outName(getPathName(n) + ".temp") {      };
 105         ~SharedThreeColumnFile();
 106         void initFile(string);
 107         void output(int, vector<double>);
 108         void resetFile();
 109         string getFileName()    { return inName;        };
 110
 111
 112         void initFile(string, vector<string>) {};
 113         void output(vector<double>) {};
 114
 115 private:
 116         string inName, groupLabel;
 117         string outName;
 118         ifstream inFile;
 119         ofstream outFile;
 120         int counter, numGroup;
 121 };
 122
 123 /***********************************************************************/
 124 //used by parsimony, unifrac.weighted and unifrac.unweighted
 125 class ColumnFile : public FileOutput {
 126
 127 public:
 128         ColumnFile(string n, string i) : FileOutput(), iters(i), inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") {};
 129         ~ColumnFile();
 130
 131         //to make compatible with parent class
 132         void output(int, vector<double>){};
 133         void initFile(string){};
 134
 135         void initFile(string, vector<string>);
 136         void output(vector<double>);
 137         void resetFile();
 138         string getFileName()    { return inName;        };
 139 private:
 140         string inName;
 141         string outName;
 142         ifstream inFile;
 143         ofstream outFile;
 144         int counter;
 145         string iters;
 146 };
 147
 148 /***********************************************************************/
 149
 150 #endif