fileoutput.h

   1 #ifndef FILEOUTPUT_H
   2 #define FILEOUTPUT_H
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "globaldata.hpp"
   6
   7 using namespace std;
   8
   9 /***********************************************************************/
  10
  11 class FileOutput {
  12
  13 public:
  14         FileOutput(){};
  15         ~FileOutput(){};
  16         virtual void output(int, vector<double>) = 0;
  17         virtual void initFile(string) = 0;
  18         virtual void resetFile() = 0;
  19         virtual string getFileName() = 0;
  20         virtual void initFile(string, vector<string>) = 0;
  21         virtual void output(vector<double>) = 0;
  22
  23 protected:
  24         GlobalData* globaldata;
  25         int renameOk;
  26
  27 };
  28
  29 /***********************************************************************/
  30
  31 class ThreeColumnFile : public FileOutput {
  32
  33 public:
  34         ThreeColumnFile(string n) : FileOutput(), inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) { };
  35         ~ThreeColumnFile();
  36         void initFile(string);
  37         void output(int, vector<double>);
  38         void resetFile();
  39         string getFileName()    { return inName;        };
  40
  41         void initFile(string, vector<string>) {};
  42         void output(vector<double>) {};
  43
  44 private:
  45         string inName;
  46         string outName;
  47         ifstream inFile;
  48         ofstream outFile;
  49         int counter;
  50 };
  51
  52
  53 /***********************************************************************/
  54 class OneColumnFile : public FileOutput {
  55
  56
  57 public:
  58         OneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) {};
  59         ~OneColumnFile();
  60         void output(int, vector<double>);
  61         void initFile(string);
  62         void resetFile();
  63         string getFileName()    { return inName;        };
  64
  65         void initFile(string, vector<string>) {};
  66         void output(vector<double>) {};
  67
  68
  69 private:
  70         string outName;
  71         ifstream inFile;
  72         string inName;
  73         ofstream outFile;
  74         int counter;
  75 };
  76
  77 /***********************************************************************/
  78 class SharedOneColumnFile : public FileOutput {
  79
  80
  81 public:
  82         SharedOneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) {};
  83         ~SharedOneColumnFile();
  84         void output(int, vector<double>);
  85         void initFile(string);
  86         void resetFile();
  87         string getFileName()    { return inName;        };
  88
  89         void initFile(string, vector<string>) {};
  90         void output(vector<double>) {};
  91
  92
  93 private:
  94         string outName;
  95         ifstream inFile;
  96         string inName;
  97         ofstream outFile;
  98         int counter;
  99
 100 };
 101
 102 /***********************************************************************/
 103
 104 class SharedThreeColumnFile : public FileOutput {
 105
 106 public:
 107         SharedThreeColumnFile(string n, string groups) : FileOutput(), groupLabel(groups), inName(n), counter(0), numGroup(1), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) {  };
 108         ~SharedThreeColumnFile();
 109         void initFile(string);
 110         void output(int, vector<double>);
 111         void resetFile();
 112         string getFileName()    { return inName;        };
 113
 114
 115         void initFile(string, vector<string>) {};
 116         void output(vector<double>) {};
 117
 118 private:
 119         string inName, groupLabel;
 120         string outName;
 121         ifstream inFile;
 122         ofstream outFile;
 123         int counter, numGroup;
 124 };
 125
 126 /***********************************************************************/
 127
 128 class ThreeColumnFile2 : public FileOutput {
 129
 130 public:
 131         ThreeColumnFile2(string n) : FileOutput(), inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) { globaldata = GlobalData::getInstance(); };
 132         ~ThreeColumnFile2();
 133
 134         //to make compatible with parent class
 135         void output(int, vector<double>){};
 136         void initFile(string){};
 137
 138         void initFile(string, vector<string>);
 139         void output(vector<double>);
 140         void resetFile();
 141         string getFileName()    { return inName;        };
 142 private:
 143         string inName;
 144         string outName;
 145         ifstream inFile;
 146         ofstream outFile;
 147         int counter;
 148 };
 149
 150 /***********************************************************************/
 151
 152 #endif