fileoutput.h

   1 #ifndef FILEOUTPUT_H
   2 #define FILEOUTPUT_H
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "utilities.hpp"
   6 #include "globaldata.hpp"
   7
   8 using namespace std;
   9
  10 /***********************************************************************/
  11
  12 class FileOutput {
  13
  14 public:
  15         FileOutput(){};
  16         ~FileOutput(){};
  17         virtual void output(int, vector<double>) = 0;
  18         virtual void initFile(string) = 0;
  19         virtual void resetFile() = 0;
  20         virtual string getFileName() = 0;
  21
  22 };
  23
  24 /***********************************************************************/
  25
  26 class ThreeColumnFile : public FileOutput {
  27
  28 public:
  29         ThreeColumnFile(string n) : FileOutput(), inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) { };
  30         ~ThreeColumnFile();
  31         void initFile(string);
  32         void output(int, vector<double>);
  33         void resetFile();
  34         string getFileName()    { return inName;        };
  35 private:
  36         string inName;
  37         string outName;
  38         ifstream inFile;
  39         ofstream outFile;
  40         int counter;
  41 };
  42
  43
  44 /***********************************************************************/
  45 class OneColumnFile : public FileOutput {
  46
  47
  48 public:
  49         OneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) {};
  50         ~OneColumnFile();
  51         void output(int, vector<double>);
  52         void initFile(string);
  53         void resetFile();
  54         string getFileName()    { return inName;        };
  55
  56 private:
  57         string outName;
  58         ifstream inFile;
  59         string inName;
  60         ofstream outFile;
  61         int counter;
  62 };
  63
  64 /***********************************************************************/
  65 class SharedOneColumnFile : public FileOutput {
  66
  67
  68 public:
  69         SharedOneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) {};
  70         ~SharedOneColumnFile();
  71         void output(int, vector<double>);
  72         void initFile(string);
  73         void resetFile();
  74         string getFileName()    { return inName;        };
  75
  76 private:
  77         string outName;
  78         ifstream inFile;
  79         string inName;
  80         ofstream outFile;
  81         int counter;
  82
  83 };
  84
  85 /***********************************************************************/
  86
  87 class SharedThreeColumnFile : public FileOutput {
  88
  89 public:
  90         SharedThreeColumnFile(string n, string groups) : FileOutput(), groupLabel(groups), inName(n), counter(0), numGroup(1), outName(getPathName(n) + ".temp." + getSimpleName(n)) {  };
  91         ~SharedThreeColumnFile();
  92         void initFile(string);
  93         void output(int, vector<double>);
  94         void resetFile();
  95         string getFileName()    { return inName;        };
  96 private:
  97         string inName, groupLabel;
  98         string outName;
  99         ifstream inFile;
 100         ofstream outFile;
 101         int counter, numGroup;
 102 };
 103
 104
 105
 106 #endif