fastamap.h

   1 #ifndef FASTAMAP_H
   2 #define FASTAMAP_H
   3
   4 /*
   5  *  fastamap.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/16/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS AMherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 #include <iostream>
  16 #include <fstream>
  17 #include <string>
  18 #include <map>
  19 #include "utilities.hpp"
  20
  21
  22 /* This class represents the fasta file.  It reads a fasta file a populates the internal data structure "data".
  23 Data is a map where the key is the sequence and the value is a struct containing the sequences groupname,
  24 a list of the sequences names who have the same sequence and a number of how many sequence names there are. */
  25
  26
  27 class FastaMap  {
  28
  29 public:
  30         FastaMap() {};
  31         ~FastaMap() {};
  32
  33         string getGroupName(string);  //pass a sequence name get its group
  34         int getGroupNumber(string);  //pass a sequence name get number of sequence in its group
  35         string getNames(string);        //pass a sequence get the string of names in the group separated by ','s.
  36         void push_back(string, string); //sequencename, groupname
  37         void set(string, string, string); //sequencename, groupname, groupnumber, names.
  38         void clear();
  39         int size();                                     //returns number of unique sequences
  40         void print(ostream&);           //produces a 2 column file with the groupname in the first column and the names in the second column.
  41         void readFastaFile(ifstream&);
  42
  43 private:
  44         struct group {
  45                 string groupname;                                       //the group name for identical sequences, will be set to the first sequence found.
  46                 int groupnumber;                                        //the number of sequence names with the same sequence.
  47                 string names;                                           //the names of the sequence separated by ','.
  48         };
  49
  50         map<string, group>  data;  //sequence, groupinfo
  51         map<string, group>::iterator it;
  52 };
  53
  54 #endif