fastamap.h

   1 #ifndef FASTAMAP_H
   2 #define FASTAMAP_H
   3
   4 /*
   5  *  fastamap.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/16/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS AMherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14
  15
  16 /* This class represents the fasta file.  It reads a fasta file a populates the internal data structure "data".
  17 Data is a map where the key is the sequence and the value is a struct containing the sequences groupname,
  18 a list of the sequences names who have the same sequence and a number of how many sequence names there are. */
  19
  20
  21 class FastaMap  {
  22
  23 public:
  24         FastaMap() {};
  25         ~FastaMap() {};
  26
  27         string getGroupName(string);  //pass a sequence name get its group
  28         int getGroupNumber(string);  //pass a sequence name get number of sequence in its group
  29         string getNames(string);        //pass a sequence get the string of names in the group separated by ','s.
  30         void push_back(string, string); //sequencename, sequence
  31         int sizeUnique();                                       //returns number of unique sequences
  32         void printNamesFile(ostream&);          //produces a 2 column file with the groupname in the first column and the names in the second column - a names file.
  33         void printCondensedFasta(ostream&);             //produces a fasta file.
  34         void readFastaFile(ifstream&);
  35         string getSequence(string);             //pass it a name of a sequence, it returns the sequence.
  36
  37 private:
  38         struct group {
  39                 string groupname;                                       //the group name for identical sequences, will be set to the first sequence found.
  40                 int groupnumber;                                        //the number of sequence names with the same sequence.
  41                 string names;                                           //the names of the sequence separated by ','.
  42         };
  43
  44         map<string, group>  data;  //sequence, groupinfo        - condensed representation of file
  45         map<string, string>  seqmap;  //name, sequence  -  uncondensed representation of file
  46         map<string, group>::iterator it;
  47         map<string, string>::iterator it2;
  48
  49         string readName(ifstream&);
  50         string readSequence(ifstream&);
  51 };
  52
  53 #endif