errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
  99                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 100                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 101                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 102                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 103                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 104                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 105                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 106                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 107                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 108                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 109                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 110                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 111                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 112                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 113                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 114                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 115                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 116                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 117                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 118                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 119                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 120                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 121                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 122                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 123                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 124                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 125                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 126                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 127                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 128                         }
 129
 130                         //gets the last parameter and value
 131                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 132                                 value = optionText;
 133                                 splitAtEquals(parameter, value);
 134                                 //is it a valid parameter
 135                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 136
 137
 138                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 139                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 140                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 141                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 142                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 143                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 144                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 145                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 146                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 147                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 148                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 149                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 150                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 151                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 152                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 153                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 154                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 155                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 156                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 157                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 158                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 159                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 160                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 161                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 162                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 163                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 164                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 165                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 166                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 167                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 168                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 169                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 170                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 171                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 172                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 173                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 174                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 175                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 176
 177                         }
 178                 }
 179
 180                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 181                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 182
 183                 //check for valid files
 184                 if (commandName == "read.dist") {
 185                         validateReadFiles();
 186                         validateReadDist();
 187                 }else if (commandName == "read.otu") {
 188                         //you want to do shared commands
 189                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 190                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 191                         //you want to do single commands
 192                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 193                                 validateReadFiles();
 194                                 validateReadPhil();
 195                         //you have not given a file
 196                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 197                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 198                         //you want to do shared commands with a shared file
 199                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 200                                 validateReadFiles();
 201                         }
 202                 }else if (commandName == "read.tree") {
 203                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 204                 }else if (commandName == "unique.seqs") {
 205                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the unique.seqs() command." << endl; return false; }
 206                         validateReadFiles();
 207                 }
 208
 209                 //are you trying to cluster before you have read something
 210                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 211                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 212                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 213                                 errorFree = false;
 214                 }
 215
 216                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 217                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 218                 }
 219
 220                 if (commandName == "parsimony") {
 221                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 222                         if (randomtree == "")  {
 223                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 224                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 225                         }
 226                 }
 227
 228                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 229                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 230                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 231                 }
 232
 233                 //check for valid method
 234                 if(commandName == "get.group") {
 235                         if ((globaldata->getSharedFile() == "")) { cout << "You must read a groupfile or a sharedfile before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 236                 }
 237                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 238                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 239                 }
 240                 if (commandName == "cluster") {
 241                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 242                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 243                 }
 244
 245                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single")){
 246                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if (commandName == "get.rabund") {
 250                         if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a listfile before you can use the get.rabund command." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if (commandName == "get.sabund") {
 254                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "")) { cout << "You must read a list or rabund before you can use the get.sabund command." << endl; return false; }
 255                 }
 256
 257                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "bootstrap.shared") || (commandName == "dist.shared")){
 258                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 259                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 260                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 261                         }
 262                 }
 263
 264                 if  (commandName == "tree.shared")  {
 265                         //given no files
 266                         if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile == "") && (columnfile == "")))  { cout << "You must run the read.otu command or provide a distance file before running the tree.shared command." << endl; return false; }
 267                         //you want to do single commands
 268                         else if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile != "") || (columnfile != ""))) {
 269                                 validateReadDist();
 270                         }
 271                 }
 272
 273                 if ((commandName == "heatmap.bin") || (commandName == "venn") || (commandName == "heatmap.sim")) {
 274                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 275                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap.bin, heatmap.sim or venn commands." << endl; return false;
 276                         }
 277                 }
 278
 279                 if (commandName == "filter.seqs") {
 280                         if (fastafile == "") {
 281                                  cout << "You must enter either a fasta file before you can use the filter.seqs command." << endl; return false;
 282                         }
 283                         validateReadFiles();
 284                 }
 285
 286                 if (commandName == "dist.seqs") {
 287                         if (fastafile == "") {
 288                                  cout << "You must enter either a fasta file before you can use the dist.seqs command." << endl; return false;
 289                         }else {
 290                                 ifstream filehandle;
 291                                 int ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 292                                 filehandle.close();
 293                                 //unable to open
 294                                 if (ableToOpen == 1) { return false; }
 295                         }
 296                 }
 297
 298                 if (commandName == "align.seqs") {
 299                         if ((fastafile == "") || (candidatefile == "")) {
 300                                 cout << "You must enter fasta and a candidate file to use the align.seqs command." << endl; return false;
 301                         }
 302                         validateReadFiles();
 303
 304                         ifstream filehandle;
 305                         int ableToOpen = openInputFile(candidatefile, filehandle);
 306                         filehandle.close();
 307                         //unable to open
 308                         if (ableToOpen == 1) {  return false; }
 309                 }
 310
 311                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 312                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs commands." << endl; return false; }
 313                         validateBinFiles();
 314                 }
 315
 316
 317                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 318                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 319                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 320                                 errorFree = false;
 321                         }
 322                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 323                         if (fastafile == "") { cout << "fasta is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 324                         validateBinFiles();
 325                 }
 326
 327
 328                 return errorFree;
 329 }
 330
 331 /*******************************************************/
 332
 333 /******************************************************/
 334 //This function checks to make sure the user entered a file to
 335 // read and that the file exists and can be opened.
 336 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 337         try {
 338                 //Validating files for read
 339                 ifstream filehandle;
 340                 int ableToOpen;
 341
 342                 //are we reading a phylipfile
 343                 if (phylipfile != "") {
 344                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 345                         filehandle.close();
 346                         //unable to open
 347                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 348                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 349                 //are we reading a columnfile
 350                 }else if (columnfile != "") {
 351                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 352                         filehandle.close();
 353                         //unable to open
 354                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 355                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 356                 //are we reading a listfile
 357                 }else if (listfile!= "") {
 358                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 359                         filehandle.close();
 360                         //unable to open
 361                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 362                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 363                 //are we reading a rabundfile
 364                 }else if (rabundfile != "") {
 365                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 366                         filehandle.close();
 367                         //unable to open
 368                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 369                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 370                 //are we reading a sabundfile
 371                 }else if (sabundfile != "") {
 372                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 373                         filehandle.close();
 374                         //unable to open
 375                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 376                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 377                 }else if (fastafile != "") {
 378                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 379                         filehandle.close();
 380                         //unable to open
 381                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 382                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 383                 }else if (sharedfile != "") {
 384                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 385                         filehandle.close();
 386                         //unable to open
 387                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 388                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 389                 }else if (groupfile != "") {
 390                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 391                         filehandle.close();
 392                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 393                                 errorFree = false;
 394                         }
 395                 }else{ //no file given
 396                         errorFree = false;
 397                 }
 398         }
 399         catch(exception& e) {
 400                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 401                 exit(1);
 402         }
 403         catch(...) {
 404                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 405                 exit(1);
 406         }
 407
 408 }
 409 /*******************************************************/
 410
 411 /******************************************************/
 412 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 413 // format parameters on a distfile read
 414 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 415         try {
 416                 ifstream filehandle;
 417                 int ableToOpen;
 418
 419                 if (groupfile != "") {
 420                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 421                         filehandle.close();
 422                         //unable to open
 423                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 424                 }
 425
 426                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 427                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 428
 429                 if (columnfile != "") {
 430                         if (namefile == "") {
 431                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 432                                 errorFree = false;
 433                         }else {
 434                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 435                                 filehandle.close();
 436                                 //unable to open
 437                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 438                         }
 439                 }
 440         }
 441         catch(exception& e) {
 442                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 443                 exit(1);
 444         }
 445         catch(...) {
 446                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 447                 exit(1);
 448         }
 449 }
 450 /*******************************************************/
 451
 452 /******************************************************/
 453 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 454 // format parameters on a parselistcommand
 455 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 456         try {
 457                 ifstream filehandle;
 458                 int ableToOpen;
 459
 460                 //checks for valid files
 461
 462                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 463                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 464
 465                 //checks parameters on the read command
 466                 if (listfile != "") {
 467                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 468                         filehandle.close();
 469                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 470                                 errorFree = false;
 471                         }
 472                         if (groupfile != "") {
 473                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 474                                 filehandle.close();
 475                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 476                                         errorFree = false;
 477                                 }
 478                         }
 479                 }
 480         }
 481         catch(exception& e) {
 482                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 483                 exit(1);
 484         }
 485         catch(...) {
 486                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 487                 exit(1);
 488         }
 489 }
 490 /*******************************************************/
 491
 492 /******************************************************/
 493 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 494 // format parameters on a parselistcommand
 495 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 496         try {
 497                 ifstream filehandle;
 498                 int ableToOpen;
 499
 500                 //checks for valid files
 501
 502                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 503                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 504
 505                 //checks parameters on the read command
 506                 if (treefile != "") {
 507                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 508                         filehandle.close();
 509                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 510                                 errorFree = false;
 511                         }
 512                         if (groupfile != "") {
 513                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 514                                 filehandle.close();
 515                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 516                                         errorFree = false;;
 517                                 }
 518                         }
 519                 }
 520         }
 521         catch(exception& e) {
 522                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 523                 exit(1);
 524         }
 525         catch(...) {
 526                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 527                 exit(1);
 528         }
 529 }
 530
 531 /*******************************************************/
 532
 533 /******************************************************/
 534 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 535 // format parameters on a distfile read
 536 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 537         try {
 538                 ifstream filehandle;
 539                 int ableToOpen;
 540
 541                 //checks to make sure only one file type is given
 542                 if (listfile != "") {
 543                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 544                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 545                 }else if (rabundfile != "") {
 546                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 547                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 548                 }else if (sabundfile != "") {
 549                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 550                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 551                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 552                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 553                 }
 554
 555                 //checks parameters on the read command
 556                 if (orderfile != "") {
 557                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 558                         filehandle.close();
 559                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 560                                 errorFree = false;
 561                         }
 562                 }
 563         }
 564         catch(exception& e) {
 565                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 566                 exit(1);
 567         }
 568         catch(...) {
 569                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 570                 exit(1);
 571         }
 572 }
 573 /*******************************************************/
 574
 575 /******************************************************/
 576 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 577 // format parameters on a bin.seq command
 578 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 579         try {
 580                 ifstream filehandle;
 581                 int ableToOpen;
 582
 583                 if (fastafile == "") {
 584                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 585                 }else if (fastafile != "") {
 586                         //is it a valid filename'
 587                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 588                         filehandle.close();
 589                         //unable to open
 590                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 591                 }else if (listfile != "") {
 592                         //is it a valid filename'
 593                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 594                         filehandle.close();
 595                         //unable to open
 596                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 597                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 598                         //is it a valid filename'
 599                         ifstream filehandle;
 600                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 601                         filehandle.close();
 602                         //unable to open
 603                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 604                 }else if (namefile != "") {
 605                         //is it a valid filename'
 606                         ifstream filehandle;
 607                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 608                         filehandle.close();
 609                         //unable to open
 610                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 611                 }else if (groupfile != "") {
 612                         //is it a valid filename'
 613                         ifstream filehandle;
 614                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 615                         filehandle.close();
 616                         //unable to open
 617                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 618                 }
 619         }
 620         catch(exception& e) {
 621                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 622                 exit(1);
 623         }
 624         catch(...) {
 625                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 626                 exit(1);
 627         }
 628 }
 629
 630 /*******************************************************/
 631
 632 /******************************************************/
 633
 634 void ErrorCheck::clear() {
 635         //option definitions should go here...
 636         phylipfile              =       "";
 637         columnfile              =       "";
 638         listfile                =       "";
 639         rabundfile              =       "";
 640         sabundfile              =       "";
 641         namefile                =       "";
 642         groupfile               =       "";
 643         orderfile               =       "";
 644         sharedfile              =       "";
 645         fastafile       =   "";
 646         candidatefile   =       "";
 647         line                    =       "";
 648         label                   =       "";
 649         method                  =   "furthest";
 650 }
 651 /*******************************************************/
 652
 653 /******************************************************/
 654