errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121                                 if (parameter == "template")            { templatefile = value; }
 122                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 123                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 124                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 125                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 126                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 127                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 128                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 129                         }
 130
 131                         //gets the last parameter and value
 132                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 133                                 value = optionText;
 134                                 splitAtEquals(parameter, value);
 135                                 //is it a valid parameter
 136                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 137
 138
 139                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 140                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 141                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 142                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 143                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 144                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 145                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 146                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 147                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 148                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 149                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 150                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 151                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 152                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 153                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 154                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 155                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 156                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 157                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 158                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 159                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 160                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 161                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 162                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 163                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 164                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 165                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 166                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 167                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 168                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 169                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 170                                 if (parameter == "template")            { templatefile = value; }
 171                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 172                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 173                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 174                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 175                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 176                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 177                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 178
 179                         }
 180                 }
 181
 182                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 183                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 184
 185                 //check for valid files
 186                 if (commandName == "read.dist") {
 187                         validateReadFiles();
 188                         validateReadDist();
 189                 }else if (commandName == "read.otu") {
 190                         //you want to do shared commands
 191                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 192                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 193                         //you want to do single commands
 194                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 195                                 validateReadFiles();
 196                                 validateReadPhil();
 197                         //you have not given a file
 198                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 199                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 200                         //you want to do shared commands with a shared file
 201                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 202                                 validateReadFiles();
 203                         }
 204                 }else if (commandName == "read.tree") {
 205                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 206                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 207                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 208                         validateReadFiles();
 209                 }
 210
 211                 //are you trying to cluster before you have read something
 212                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 213                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 214                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 215                                 errorFree = false;
 216                 }
 217
 218                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 219                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 220                 }
 221
 222                 if (commandName == "parsimony") {
 223                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 224                         if (randomtree == "")  {
 225                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 226                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 227                         }
 228                 }
 229
 230                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 231                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 232                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 233                 }
 234
 235                 //check for valid method
 236                 if(commandName == "get.group") {
 237                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 238                 }
 239                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 240                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 241                 }
 242                 if (commandName == "cluster") {
 243                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 244                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 245                 }
 246
 247                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 248                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 249                 }
 250
 251                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared")){
 252                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 253                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 254                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 255                         }
 256                 }
 257
 258                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 259                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 260                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 261                         }
 262                 }
 263
 264                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs") || (commandName == "align.seqs")) {
 265                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 266                                  cout << "You must enter either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs, dist.seqs or align.seqs command." << endl; return false;
 267                         }else if ((commandName == "align.seqs") && (templatefile == "")) {
 268                                 cout << "You must enter a template to use the align.seqs command." << endl; return false;
 269                         }
 270                         validateSeqsFiles();
 271                 }
 272
 273                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 274                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 275                         validateBinFiles();
 276                 }
 277
 278                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 279                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 280                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 281                                 errorFree = false;
 282                         }
 283                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 284                         validateBinFiles();
 285                 }
 286
 287
 288                 return errorFree;
 289 }
 290
 291 /*******************************************************/
 292
 293 /******************************************************/
 294 //This function checks to make sure the user entered a file to
 295 // read and that the file exists and can be opened.
 296 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 297         try {
 298                 //Validating files for read
 299                 ifstream filehandle;
 300                 int ableToOpen;
 301
 302                 //are we reading a phylipfile
 303                 if (phylipfile != "") {
 304                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 305                         filehandle.close();
 306                         //unable to open
 307                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 308                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 309                 //are we reading a columnfile
 310                 }else if (columnfile != "") {
 311                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 312                         filehandle.close();
 313                         //unable to open
 314                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 315                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 316                 //are we reading a listfile
 317                 }else if (listfile!= "") {
 318                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 319                         filehandle.close();
 320                         //unable to open
 321                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 322                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 323                 //are we reading a rabundfile
 324                 }else if (rabundfile != "") {
 325                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 326                         filehandle.close();
 327                         //unable to open
 328                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 329                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 330                 //are we reading a sabundfile
 331                 }else if (sabundfile != "") {
 332                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 333                         filehandle.close();
 334                         //unable to open
 335                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 336                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 337                 }else if (fastafile != "") {
 338                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 339                         filehandle.close();
 340                         //unable to open
 341                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 342                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 343                 }else if (sharedfile != "") {
 344                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 345                         filehandle.close();
 346                         //unable to open
 347                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 348                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 349                 }else{ //no file given
 350                         errorFree = false;
 351                 }
 352         }
 353         catch(exception& e) {
 354                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 355                 exit(1);
 356         }
 357         catch(...) {
 358                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 359                 exit(1);
 360         }
 361
 362 }
 363 /*******************************************************/
 364
 365 /******************************************************/
 366 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 367 // format parameters on a distfile read
 368 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 369         try {
 370                 ifstream filehandle;
 371                 int ableToOpen;
 372
 373                 if (groupfile != "") {
 374                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 375                         filehandle.close();
 376                         //unable to open
 377                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 378                 }
 379
 380                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 381                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 382
 383                 if (columnfile != "") {
 384                         if (namefile == "") {
 385                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 386                                 errorFree = false;
 387                         }else {
 388                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 389                                 filehandle.close();
 390                                 //unable to open
 391                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 392                         }
 393                 }
 394         }
 395         catch(exception& e) {
 396                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 397                 exit(1);
 398         }
 399         catch(...) {
 400                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 401                 exit(1);
 402         }
 403 }
 404 /*******************************************************/
 405
 406 /******************************************************/
 407 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 408 // format parameters on a parselistcommand
 409 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 410         try {
 411                 ifstream filehandle;
 412                 int ableToOpen;
 413
 414                 //checks for valid files
 415
 416                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 417                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 418
 419                 //checks parameters on the read command
 420                 if (listfile != "") {
 421                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 422                         filehandle.close();
 423                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 424                                 errorFree = false;
 425                         }
 426                         if (groupfile != "") {
 427                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 428                                 filehandle.close();
 429                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 430                                         errorFree = false;;
 431                                 }
 432                         }
 433                 }
 434         }
 435         catch(exception& e) {
 436                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 437                 exit(1);
 438         }
 439         catch(...) {
 440                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 441                 exit(1);
 442         }
 443 }
 444 /*******************************************************/
 445
 446 /******************************************************/
 447 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 448 // format parameters on a parselistcommand
 449 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 450         try {
 451                 ifstream filehandle;
 452                 int ableToOpen;
 453
 454                 //checks for valid files
 455
 456                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 457                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 458
 459                 //checks parameters on the read command
 460                 if (treefile != "") {
 461                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 462                         filehandle.close();
 463                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 464                                 errorFree = false;
 465                         }
 466                         if (groupfile != "") {
 467                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 468                                 filehandle.close();
 469                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 470                                         errorFree = false;;
 471                                 }
 472                         }
 473                 }
 474         }
 475         catch(exception& e) {
 476                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 477                 exit(1);
 478         }
 479         catch(...) {
 480                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 481                 exit(1);
 482         }
 483 }
 484
 485 /*******************************************************/
 486
 487 /******************************************************/
 488 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 489 // format parameters on a distfile read
 490 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 491         try {
 492                 ifstream filehandle;
 493                 int ableToOpen;
 494
 495                 //checks to make sure only one file type is given
 496                 if (listfile != "") {
 497                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 498                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 499                 }else if (rabundfile != "") {
 500                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 501                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 502                 }else if (sabundfile != "") {
 503                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 504                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 505                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 506                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 507                 }
 508
 509                 //checks parameters on the read command
 510                 if (orderfile != "") {
 511                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 512                         filehandle.close();
 513                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 514                                 errorFree = false;
 515                         }
 516                 }
 517         }
 518         catch(exception& e) {
 519                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 520                 exit(1);
 521         }
 522         catch(...) {
 523                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 524                 exit(1);
 525         }
 526 }
 527 /*******************************************************/
 528
 529 /******************************************************/
 530 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 531 // format parameters on a distfile read
 532 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 533         try {
 534                 ifstream filehandle;
 535                 int ableToOpen;
 536
 537                 //checks to make sure only one file type is given
 538                 if (phylipfile != "") {
 539                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 540                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 541                         else {
 542                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 543                                 filehandle.close();
 544                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 545                                         errorFree = false;
 546                                 }
 547                         }
 548                 }else if (nexusfile != "") {
 549                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 550                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 551                         else {
 552                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 553                                 filehandle.close();
 554                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 555                                         errorFree = false;
 556                                 }
 557                         }
 558                 }else if (fastafile != "") {
 559                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 560                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 561                         else {
 562                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 563                                 filehandle.close();
 564                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 565                                         errorFree = false;
 566                                 }
 567                         }
 568                 }else if (clustalfile != "") {
 569                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 570                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 571                         else {
 572                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 573                                 filehandle.close();
 574                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 575                                         errorFree = false;
 576                                 }
 577                         }
 578                 }else if (templatefile != "") {
 579                         ableToOpen = openInputFile(templatefile, filehandle);
 580                         filehandle.close();
 581                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 582                                 errorFree = false;
 583                         }
 584                 }
 585
 586
 587         }
 588         catch(exception& e) {
 589                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 590                 exit(1);
 591         }
 592         catch(...) {
 593                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 594                 exit(1);
 595         }
 596 }
 597
 598 /*******************************************************/
 599
 600 /******************************************************/
 601 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 602 // format parameters on a bin.seq command
 603 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 604         try {
 605                 ifstream filehandle;
 606                 int ableToOpen;
 607
 608                 if (fastafile == "") {
 609                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs and get.oturep commands." << endl; errorFree = false;
 610                 }else if (fastafile != "") {
 611                         //is it a valid filename'
 612                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 613                         filehandle.close();
 614                         //unable to open
 615                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 616                 }else if (listfile != "") {
 617                         //is it a valid filename'
 618                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 619                         filehandle.close();
 620                         //unable to open
 621                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 622                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 623                         //is it a valid filename'
 624                         ifstream filehandle;
 625                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 626                         filehandle.close();
 627                         //unable to open
 628                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 629                 }else if (namefile != "") {
 630                         //is it a valid filename'
 631                         ifstream filehandle;
 632                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 633                         filehandle.close();
 634                         //unable to open
 635                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 636                 }
 637
 638
 639         }
 640         catch(exception& e) {
 641                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 642                 exit(1);
 643         }
 644         catch(...) {
 645                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 646                 exit(1);
 647         }
 648 }
 649
 650 /*******************************************************/
 651
 652 /******************************************************/
 653
 654 void ErrorCheck::clear() {
 655         //option definitions should go here...
 656         phylipfile              =       "";
 657         columnfile              =       "";
 658         listfile                =       "";
 659         rabundfile              =       "";
 660         sabundfile              =       "";
 661         namefile                =       "";
 662         groupfile               =       "";
 663         orderfile               =       "";
 664         sharedfile              =       "";
 665         fastafile       =   "";
 666         nexusfile       =   "";
 667         clustalfile     =   "";
 668         templatefile    =       "";
 669         line                    =       "";
 670         label                   =       "";
 671         method                  =   "furthest";
 672 }
 673 /*******************************************************/
 674
 675 /******************************************************/
 676