errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 122                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 123                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 124                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 125                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 126                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 127                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 128                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 129                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 130                         }
 131
 132                         //gets the last parameter and value
 133                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 134                                 value = optionText;
 135                                 splitAtEquals(parameter, value);
 136                                 //is it a valid parameter
 137                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 138
 139
 140                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 141                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 142                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 143                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 144                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 145                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 146                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 147                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 148                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 149                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 150                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 151                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 152                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 153                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 154                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 155                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 156                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 157                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 158                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 159                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 160                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 161                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 162                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 163                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 164                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 165                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 166                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 167                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 168                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 169                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 170                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 171                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 172                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 173                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 174                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 175                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 176                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 177                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 178                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 179                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 180
 181                         }
 182                 }
 183
 184                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 185                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 186
 187                 //check for valid files
 188                 if (commandName == "read.dist") {
 189                         validateReadFiles();
 190                         validateReadDist();
 191                 }else if (commandName == "read.otu") {
 192                         //you want to do shared commands
 193                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 194                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 195                         //you want to do single commands
 196                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 197                                 validateReadFiles();
 198                                 validateReadPhil();
 199                         //you have not given a file
 200                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 201                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 202                         //you want to do shared commands with a shared file
 203                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 204                                 validateReadFiles();
 205                         }
 206                 }else if (commandName == "read.tree") {
 207                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 208                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 209                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 210                         validateReadFiles();
 211                 }
 212
 213                 //are you trying to cluster before you have read something
 214                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 215                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 216                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 217                                 errorFree = false;
 218                 }
 219
 220                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 221                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 222                 }
 223
 224                 if (commandName == "parsimony") {
 225                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 226                         if (randomtree == "")  {
 227                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 228                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 233                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 234                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 235                 }
 236
 237                 //check for valid method
 238                 if(commandName == "get.group") {
 239                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 240                 }
 241                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 242                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 243                 }
 244                 if (commandName == "cluster") {
 245                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 246                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 250                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared") || (commandName == "dist.shared")){
 254                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 255                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 256                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 257                         }
 258                 }
 259
 260                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 261                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 262                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 263                         }
 264                 }
 265
 266                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs")) {
 267                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 268                                  cout << "You must enter either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs or dist.seqs command." << endl; return false;
 269                         }
 270                         validateSeqsFiles();
 271                 }
 272
 273                 if (commandName == "align.seqs") {
 274                         if ((fastafile == "") || (candidatefile == "")) {
 275                                 cout << "You must enter fasta and a candidate file to use the align.seqs command." << endl; return false;
 276                         }
 277                         validateSeqsFiles();
 278                 }
 279
 280                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 281                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs commands." << endl; return false; }
 282                         validateBinFiles();
 283                 }
 284
 285
 286                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 287                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 288                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 289                                 errorFree = false;
 290                         }
 291                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 292                         validateBinFiles();
 293                 }
 294
 295
 296                 return errorFree;
 297 }
 298
 299 /*******************************************************/
 300
 301 /******************************************************/
 302 //This function checks to make sure the user entered a file to
 303 // read and that the file exists and can be opened.
 304 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 305         try {
 306                 //Validating files for read
 307                 ifstream filehandle;
 308                 int ableToOpen;
 309
 310                 //are we reading a phylipfile
 311                 if (phylipfile != "") {
 312                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 313                         filehandle.close();
 314                         //unable to open
 315                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 316                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 317                 //are we reading a columnfile
 318                 }else if (columnfile != "") {
 319                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 320                         filehandle.close();
 321                         //unable to open
 322                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 323                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 324                 //are we reading a listfile
 325                 }else if (listfile!= "") {
 326                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 327                         filehandle.close();
 328                         //unable to open
 329                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 330                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 331                 //are we reading a rabundfile
 332                 }else if (rabundfile != "") {
 333                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 334                         filehandle.close();
 335                         //unable to open
 336                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 337                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 338                 //are we reading a sabundfile
 339                 }else if (sabundfile != "") {
 340                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 341                         filehandle.close();
 342                         //unable to open
 343                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 344                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 345                 }else if (fastafile != "") {
 346                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 347                         filehandle.close();
 348                         //unable to open
 349                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 350                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 351                 }else if (sharedfile != "") {
 352                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 353                         filehandle.close();
 354                         //unable to open
 355                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 356                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 357                 }else{ //no file given
 358                         errorFree = false;
 359                 }
 360         }
 361         catch(exception& e) {
 362                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 363                 exit(1);
 364         }
 365         catch(...) {
 366                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 367                 exit(1);
 368         }
 369
 370 }
 371 /*******************************************************/
 372
 373 /******************************************************/
 374 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 375 // format parameters on a distfile read
 376 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 377         try {
 378                 ifstream filehandle;
 379                 int ableToOpen;
 380
 381                 if (groupfile != "") {
 382                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 383                         filehandle.close();
 384                         //unable to open
 385                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 386                 }
 387
 388                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 389                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 390
 391                 if (columnfile != "") {
 392                         if (namefile == "") {
 393                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 394                                 errorFree = false;
 395                         }else {
 396                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 397                                 filehandle.close();
 398                                 //unable to open
 399                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 400                         }
 401                 }
 402         }
 403         catch(exception& e) {
 404                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 405                 exit(1);
 406         }
 407         catch(...) {
 408                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 409                 exit(1);
 410         }
 411 }
 412 /*******************************************************/
 413
 414 /******************************************************/
 415 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 416 // format parameters on a parselistcommand
 417 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 418         try {
 419                 ifstream filehandle;
 420                 int ableToOpen;
 421
 422                 //checks for valid files
 423
 424                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 425                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 426
 427                 //checks parameters on the read command
 428                 if (listfile != "") {
 429                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 430                         filehandle.close();
 431                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 432                                 errorFree = false;
 433                         }
 434                         if (groupfile != "") {
 435                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 436                                 filehandle.close();
 437                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 438                                         errorFree = false;;
 439                                 }
 440                         }
 441                 }
 442         }
 443         catch(exception& e) {
 444                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 445                 exit(1);
 446         }
 447         catch(...) {
 448                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 449                 exit(1);
 450         }
 451 }
 452 /*******************************************************/
 453
 454 /******************************************************/
 455 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 456 // format parameters on a parselistcommand
 457 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 458         try {
 459                 ifstream filehandle;
 460                 int ableToOpen;
 461
 462                 //checks for valid files
 463
 464                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 465                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 466
 467                 //checks parameters on the read command
 468                 if (treefile != "") {
 469                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 470                         filehandle.close();
 471                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 472                                 errorFree = false;
 473                         }
 474                         if (groupfile != "") {
 475                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 476                                 filehandle.close();
 477                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 478                                         errorFree = false;;
 479                                 }
 480                         }
 481                 }
 482         }
 483         catch(exception& e) {
 484                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 485                 exit(1);
 486         }
 487         catch(...) {
 488                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 489                 exit(1);
 490         }
 491 }
 492
 493 /*******************************************************/
 494
 495 /******************************************************/
 496 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 497 // format parameters on a distfile read
 498 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 499         try {
 500                 ifstream filehandle;
 501                 int ableToOpen;
 502
 503                 //checks to make sure only one file type is given
 504                 if (listfile != "") {
 505                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 506                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 507                 }else if (rabundfile != "") {
 508                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 509                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 510                 }else if (sabundfile != "") {
 511                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 512                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 513                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 514                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 515                 }
 516
 517                 //checks parameters on the read command
 518                 if (orderfile != "") {
 519                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 520                         filehandle.close();
 521                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 522                                 errorFree = false;
 523                         }
 524                 }
 525         }
 526         catch(exception& e) {
 527                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 528                 exit(1);
 529         }
 530         catch(...) {
 531                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 532                 exit(1);
 533         }
 534 }
 535 /*******************************************************/
 536
 537 /******************************************************/
 538 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 539 // format parameters on a distfile read
 540 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 541         try {
 542                 ifstream filehandle;
 543                 int ableToOpen;
 544
 545                 //checks to make sure only one file type is given
 546                 if (phylipfile != "") {
 547                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 548                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 549                         else {
 550                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 551                                 filehandle.close();
 552                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 553                                         errorFree = false;
 554                                 }
 555                         }
 556                 }else if (nexusfile != "") {
 557                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 558                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 559                         else {
 560                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 561                                 filehandle.close();
 562                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 563                                         errorFree = false;
 564                                 }
 565                         }
 566                 }else if (fastafile != "") {
 567                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 568                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 569                         else {
 570                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 571                                 filehandle.close();
 572                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 573                                         errorFree = false;
 574                                 }
 575                         }
 576                 }else if (clustalfile != "") {
 577                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 578                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 579                         else {
 580                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 581                                 filehandle.close();
 582                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 583                                         errorFree = false;
 584                                 }
 585                         }
 586                 }else if (candidatefile != "") {
 587                         ableToOpen = openInputFile(candidatefile, filehandle);
 588                         filehandle.close();
 589                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 590                                 errorFree = false;
 591                         }
 592                 }
 593
 594
 595         }
 596         catch(exception& e) {
 597                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 598                 exit(1);
 599         }
 600         catch(...) {
 601                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 602                 exit(1);
 603         }
 604 }
 605
 606 /*******************************************************/
 607
 608 /******************************************************/
 609 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 610 // format parameters on a bin.seq command
 611 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 612         try {
 613                 ifstream filehandle;
 614                 int ableToOpen;
 615
 616                 if (fastafile == "") {
 617                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 618                 }else if (fastafile != "") {
 619                         //is it a valid filename'
 620                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 621                         filehandle.close();
 622                         //unable to open
 623                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 624                 }else if (listfile != "") {
 625                         //is it a valid filename'
 626                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 627                         filehandle.close();
 628                         //unable to open
 629                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 630                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 631                         //is it a valid filename'
 632                         ifstream filehandle;
 633                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 634                         filehandle.close();
 635                         //unable to open
 636                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 637                 }else if (namefile != "") {
 638                         //is it a valid filename'
 639                         ifstream filehandle;
 640                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 641                         filehandle.close();
 642                         //unable to open
 643                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 644                 }else if (groupfile != "") {
 645                         //is it a valid filename'
 646                         ifstream filehandle;
 647                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 648                         filehandle.close();
 649                         //unable to open
 650                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 651                 }
 652
 653
 654
 655         }
 656         catch(exception& e) {
 657                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 658                 exit(1);
 659         }
 660         catch(...) {
 661                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 662                 exit(1);
 663         }
 664 }
 665
 666 /*******************************************************/
 667
 668 /******************************************************/
 669
 670 void ErrorCheck::clear() {
 671         //option definitions should go here...
 672         phylipfile              =       "";
 673         columnfile              =       "";
 674         listfile                =       "";
 675         rabundfile              =       "";
 676         sabundfile              =       "";
 677         namefile                =       "";
 678         groupfile               =       "";
 679         orderfile               =       "";
 680         sharedfile              =       "";
 681         fastafile       =   "";
 682         nexusfile       =   "";
 683         clustalfile     =   "";
 684         candidatefile   =       "";
 685         line                    =       "";
 686         label                   =       "";
 687         method                  =   "furthest";
 688 }
 689 /*******************************************************/
 690
 691 /******************************************************/
 692