errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26         columnfile = globaldata->getColumnFile();
  27         phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  28         listfile = globaldata->getListFile();
  29         rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  30         sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  31         namefile = globaldata->getNameFile();
  32         groupfile = globaldata->getGroupFile();
  33         orderfile = globaldata->getOrderFile();
  34         fastafile = globaldata->getFastaFile();
  35         treefile = globaldata->getTreeFile();
  36         cutoff = globaldata->getCutOff();
  37         format = globaldata->getFormat();
  38         method = globaldata->getMethod();
  39         randomtree = globaldata->getRandomTree();
  40         sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  41 }
  42
  43 /*******************************************************/
  44
  45 /******************************************************/
  46
  47 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  48         delete validCommand;
  49         delete validParameter;
  50 }
  51
  52 /*******************************************************/
  53
  54 /******************************************************/
  55
  56 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  57                 errorFree = true;
  58                 clear();
  59
  60                 //refresh variable
  61                 refresh();
  62
  63                 //get command name and parameters
  64                 int openParen = input.find_first_of('(');
  65                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  66
  67                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  68                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  69                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  70                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  71                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  72                         return false;
  73                 }
  74
  75                 //is it a valid command
  76                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  77
  78                 string parameter, value;
  79
  80                 //reads in parameters and values
  81                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  82                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  83                                 splitAtComma(value, optionText);
  84                                 splitAtEquals(parameter, value);
  85
  86                                 //is it a valid parameter
  87                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  88
  89
  90
  91                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  92                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  93                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  94                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  96                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  97                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  98                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  99                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 100                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 101                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 102                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 103                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 104                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 105                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 106                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 107                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 108                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 109                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 110                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 111                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 112                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 113                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 114                         }
 115
 116                         //gets the last parameter and value
 117                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 118                                 value = optionText;
 119                                 splitAtEquals(parameter, value);
 120                                 //is it a valid parameter
 121                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 122
 123
 124                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 125                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 126                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 127                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 128                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 129                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 130                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 131                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 132                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 133                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 134                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 135                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 136                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 137                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 138                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 139                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 140                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 141                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 142                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 143                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 144                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 145                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 146                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 147                         }
 148                 }
 149
 150                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 151                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 152
 153                 //check for valid files
 154                 if (commandName == "read.dist") {
 155                         validateReadFiles();
 156                         validateReadDist();
 157                 }else if (commandName == "read.otu") {
 158                         //you want to do shared commands
 159                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 160                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 161                         //you want to do single commands
 162                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 163                                 validateReadFiles();
 164                                 validateReadPhil();
 165                         //you have not given a file
 166                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 167                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 168                         //you want to do shared commands with a shared file
 169                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 170                                 validateReadFiles();
 171                         }
 172                 }else if (commandName == "read.tree") {
 173                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 174                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 175                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 176                         validateReadFiles();
 177                 }
 178
 179                 //are you trying to cluster before you have read something
 180                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 181                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 182                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 183                                 errorFree = false;
 184                 }
 185
 186                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 187                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 188                 }
 189
 190                 if (commandName == "parsimony") {
 191                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 192                         if (randomtree == "")  {
 193                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 194                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 195                         }
 196                 }
 197
 198                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted")) {
 199                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 200                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted or unifrac.unweighted command." << endl; return false;  }
 201                 }
 202
 203                 //check for valid method
 204                 if(commandName == "get.group") {
 205                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 206                 }
 207                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 208                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 209                 }
 210                 if (commandName == "cluster") {
 211                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 212                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 213                 }
 214
 215                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 216                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 217                 }
 218
 219                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") ){
 220                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 221                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared or summary.shared commands." << endl; return false; }
 222                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared or summary.shared commands." << endl; return false; }
 223                         }
 224                 }
 225
 226                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 227                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 228                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 233                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 234                         validateBinFiles();
 235                 }
 236
 237                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 238                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 239                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 240                                 errorFree = false;
 241                         }
 242                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 243                         validateBinFiles();
 244                 }
 245
 246
 247                 return errorFree;
 248 }
 249
 250 /*******************************************************/
 251
 252 /******************************************************/
 253 //This function checks to make sure the user entered a file to
 254 // read and that the file exists and can be opened.
 255 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 256         try {
 257                 //Validating files for read
 258                 ifstream filehandle;
 259                 int ableToOpen;
 260
 261                 //are we reading a phylipfile
 262                 if (phylipfile != "") {
 263                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 264                         filehandle.close();
 265                         //unable to open
 266                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 267                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 268                 //are we reading a columnfile
 269                 }else if (columnfile != "") {
 270                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 271                         filehandle.close();
 272                         //unable to open
 273                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 274                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 275                 //are we reading a listfile
 276                 }else if (listfile!= "") {
 277                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 278                         filehandle.close();
 279                         //unable to open
 280                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 281                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 282                 //are we reading a rabundfile
 283                 }else if (rabundfile != "") {
 284                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 285                         filehandle.close();
 286                         //unable to open
 287                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 288                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 289                 //are we reading a sabundfile
 290                 }else if (sabundfile != "") {
 291                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 292                         filehandle.close();
 293                         //unable to open
 294                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 295                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 296                 }else if (fastafile != "") {
 297                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 298                         filehandle.close();
 299                         //unable to open
 300                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 301                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 302                 }else if (sharedfile != "") {
 303                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 304                         filehandle.close();
 305                         //unable to open
 306                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 307                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 308                 }else{ //no file given
 309                         errorFree = false;
 310                 }
 311         }
 312         catch(exception& e) {
 313                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 314                 exit(1);
 315         }
 316         catch(...) {
 317                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 318                 exit(1);
 319         }
 320
 321 }
 322 /*******************************************************/
 323
 324 /******************************************************/
 325 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 326 // format parameters on a distfile read
 327 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 328         try {
 329                 ifstream filehandle;
 330                 int ableToOpen;
 331
 332                 if (groupfile != "") {
 333                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 334                         filehandle.close();
 335                         //unable to open
 336                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 337                 }
 338
 339                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 340                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 341
 342                 if (columnfile != "") {
 343                         if (namefile == "") {
 344                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 345                                 errorFree = false;
 346                         }else {
 347                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 348                                 filehandle.close();
 349                                 //unable to open
 350                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 351                         }
 352                 }
 353         }
 354         catch(exception& e) {
 355                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 356                 exit(1);
 357         }
 358         catch(...) {
 359                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 360                 exit(1);
 361         }
 362 }
 363 /*******************************************************/
 364
 365 /******************************************************/
 366 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 367 // format parameters on a parselistcommand
 368 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 369         try {
 370                 ifstream filehandle;
 371                 int ableToOpen;
 372
 373                 //checks for valid files
 374
 375                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 376                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 377
 378                 //checks parameters on the read command
 379                 if (listfile != "") {
 380                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 381                         filehandle.close();
 382                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 383                                 errorFree = false;
 384                         }
 385                         if (groupfile != "") {
 386                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 387                                 filehandle.close();
 388                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 389                                         errorFree = false;;
 390                                 }
 391                         }
 392                 }
 393         }
 394         catch(exception& e) {
 395                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 396                 exit(1);
 397         }
 398         catch(...) {
 399                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 400                 exit(1);
 401         }
 402 }
 403 /*******************************************************/
 404
 405 /******************************************************/
 406 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 407 // format parameters on a parselistcommand
 408 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 409         try {
 410                 ifstream filehandle;
 411                 int ableToOpen;
 412
 413                 //checks for valid files
 414
 415                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 416                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 417
 418                 //checks parameters on the read command
 419                 if (treefile != "") {
 420                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 421                         filehandle.close();
 422                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 423                                 errorFree = false;
 424                         }
 425                         if (groupfile != "") {
 426                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 427                                 filehandle.close();
 428                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 429                                         errorFree = false;;
 430                                 }
 431                         }
 432                 }
 433         }
 434         catch(exception& e) {
 435                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 436                 exit(1);
 437         }
 438         catch(...) {
 439                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 440                 exit(1);
 441         }
 442 }
 443
 444 /*******************************************************/
 445
 446 /******************************************************/
 447 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 448 // format parameters on a distfile read
 449 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 450         try {
 451                 ifstream filehandle;
 452                 int ableToOpen;
 453
 454                 //checks to make sure only one file type is given
 455                 if (listfile != "") {
 456                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 457                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 458                 }else if (rabundfile != "") {
 459                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 460                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 461                 }else if (sabundfile != "") {
 462                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 463                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 464                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 465                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 466                 }
 467
 468                 //checks parameters on the read command
 469                 if (orderfile != "") {
 470                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 471                         filehandle.close();
 472                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 473                                 errorFree = false;
 474                         }
 475                 }
 476         }
 477         catch(exception& e) {
 478                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 479                 exit(1);
 480         }
 481         catch(...) {
 482                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 483                 exit(1);
 484         }
 485 }
 486 /*******************************************************/
 487
 488 /******************************************************/
 489 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 490 // format parameters on a bin.seq command
 491 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 492         try {
 493                 ifstream filehandle;
 494                 int ableToOpen;
 495
 496                 if (fastafile == "") {
 497                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs and get.oturep commands." << endl; errorFree = false;
 498                 }else if (fastafile != "") {
 499                         //is it a valid filename'
 500                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 501                         filehandle.close();
 502                         //unable to open
 503                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 504                 }else if (listfile != "") {
 505                         //is it a valid filename'
 506                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 507                         filehandle.close();
 508                         //unable to open
 509                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 510                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 511                         //is it a valid filename'
 512                         ifstream filehandle;
 513                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 514                         filehandle.close();
 515                         //unable to open
 516                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 517                 }else if (namefile != "") {
 518                         //is it a valid filename'
 519                         ifstream filehandle;
 520                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 521                         filehandle.close();
 522                         //unable to open
 523                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 524                 }
 525
 526
 527         }
 528         catch(exception& e) {
 529                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 530                 exit(1);
 531         }
 532         catch(...) {
 533                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 534                 exit(1);
 535         }
 536 }
 537
 538 /*******************************************************/
 539
 540 /******************************************************/
 541
 542 void ErrorCheck::clear() {
 543         //option definitions should go here...
 544         phylipfile              =       "";
 545         columnfile              =       "";
 546         listfile                =       "";
 547         rabundfile              =       "";
 548         sabundfile              =       "";
 549         namefile                =       "";
 550         groupfile               =       "";
 551         orderfile               =       "";
 552         sharedfile              =       "";
 553         line                    =       "";
 554         label                   =       "";
 555         method                  =   "furthest";
 556 }
 557 /*******************************************************/
 558
 559 /******************************************************/
 560