errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121
 122                         }
 123
 124                         //gets the last parameter and value
 125                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 126                                 value = optionText;
 127                                 splitAtEquals(parameter, value);
 128                                 //is it a valid parameter
 129                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 130
 131
 132                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 133                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 134                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 135                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 136                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 137                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 138                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 139                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 140                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 141                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 142                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 143                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 144                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 145                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 146                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 147                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 148                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 149                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 150                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 151                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 152                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 153                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 154                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 155                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 156                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 157                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 158                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 159                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 160                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 161                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 162                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 163
 164                         }
 165                 }
 166
 167                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 168                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 169
 170                 //check for valid files
 171                 if (commandName == "read.dist") {
 172                         validateReadFiles();
 173                         validateReadDist();
 174                 }else if (commandName == "read.otu") {
 175                         //you want to do shared commands
 176                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 177                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 178                         //you want to do single commands
 179                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 180                                 validateReadFiles();
 181                                 validateReadPhil();
 182                         //you have not given a file
 183                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 184                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 185                         //you want to do shared commands with a shared file
 186                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 187                                 validateReadFiles();
 188                         }
 189                 }else if (commandName == "read.tree") {
 190                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 191                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 192                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 193                         validateReadFiles();
 194                 }
 195
 196                 //are you trying to cluster before you have read something
 197                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 198                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 199                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 200                                 errorFree = false;
 201                 }
 202
 203                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 204                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 205                 }
 206
 207                 if (commandName == "parsimony") {
 208                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 209                         if (randomtree == "")  {
 210                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 211                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 212                         }
 213                 }
 214
 215                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 216                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 217                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 218                 }
 219
 220                 //check for valid method
 221                 if(commandName == "get.group") {
 222                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 223                 }
 224                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 225                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 226                 }
 227                 if (commandName == "cluster") {
 228                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 229                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 233                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 234                 }
 235
 236                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared")){
 237                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 238                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 239                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 240                         }
 241                 }
 242
 243                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 244                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 245                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 246                         }
 247                 }
 248
 249                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs")) {
 250                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 251                                  cout << "You must read either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs command." << endl; return false;
 252                         }
 253                         validateSeqsFiles();
 254                 }
 255
 256                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 257                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 258                         validateBinFiles();
 259                 }
 260
 261                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 262                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 263                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 264                                 errorFree = false;
 265                         }
 266                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 267                         validateBinFiles();
 268                 }
 269
 270
 271                 return errorFree;
 272 }
 273
 274 /*******************************************************/
 275
 276 /******************************************************/
 277 //This function checks to make sure the user entered a file to
 278 // read and that the file exists and can be opened.
 279 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 280         try {
 281                 //Validating files for read
 282                 ifstream filehandle;
 283                 int ableToOpen;
 284
 285                 //are we reading a phylipfile
 286                 if (phylipfile != "") {
 287                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 288                         filehandle.close();
 289                         //unable to open
 290                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 291                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 292                 //are we reading a columnfile
 293                 }else if (columnfile != "") {
 294                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 295                         filehandle.close();
 296                         //unable to open
 297                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 298                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 299                 //are we reading a listfile
 300                 }else if (listfile!= "") {
 301                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 302                         filehandle.close();
 303                         //unable to open
 304                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 305                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 306                 //are we reading a rabundfile
 307                 }else if (rabundfile != "") {
 308                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 309                         filehandle.close();
 310                         //unable to open
 311                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 312                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 313                 //are we reading a sabundfile
 314                 }else if (sabundfile != "") {
 315                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 316                         filehandle.close();
 317                         //unable to open
 318                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 319                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 320                 }else if (fastafile != "") {
 321                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 322                         filehandle.close();
 323                         //unable to open
 324                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 325                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 326                 }else if (sharedfile != "") {
 327                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 328                         filehandle.close();
 329                         //unable to open
 330                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 331                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 332                 }else{ //no file given
 333                         errorFree = false;
 334                 }
 335         }
 336         catch(exception& e) {
 337                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 338                 exit(1);
 339         }
 340         catch(...) {
 341                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 342                 exit(1);
 343         }
 344
 345 }
 346 /*******************************************************/
 347
 348 /******************************************************/
 349 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 350 // format parameters on a distfile read
 351 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 352         try {
 353                 ifstream filehandle;
 354                 int ableToOpen;
 355
 356                 if (groupfile != "") {
 357                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 358                         filehandle.close();
 359                         //unable to open
 360                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 361                 }
 362
 363                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 364                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 365
 366                 if (columnfile != "") {
 367                         if (namefile == "") {
 368                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 369                                 errorFree = false;
 370                         }else {
 371                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 372                                 filehandle.close();
 373                                 //unable to open
 374                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 375                         }
 376                 }
 377         }
 378         catch(exception& e) {
 379                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 380                 exit(1);
 381         }
 382         catch(...) {
 383                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 384                 exit(1);
 385         }
 386 }
 387 /*******************************************************/
 388
 389 /******************************************************/
 390 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 391 // format parameters on a parselistcommand
 392 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 393         try {
 394                 ifstream filehandle;
 395                 int ableToOpen;
 396
 397                 //checks for valid files
 398
 399                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 400                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 401
 402                 //checks parameters on the read command
 403                 if (listfile != "") {
 404                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 405                         filehandle.close();
 406                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 407                                 errorFree = false;
 408                         }
 409                         if (groupfile != "") {
 410                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 411                                 filehandle.close();
 412                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 413                                         errorFree = false;;
 414                                 }
 415                         }
 416                 }
 417         }
 418         catch(exception& e) {
 419                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 420                 exit(1);
 421         }
 422         catch(...) {
 423                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 424                 exit(1);
 425         }
 426 }
 427 /*******************************************************/
 428
 429 /******************************************************/
 430 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 431 // format parameters on a parselistcommand
 432 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 433         try {
 434                 ifstream filehandle;
 435                 int ableToOpen;
 436
 437                 //checks for valid files
 438
 439                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 440                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 441
 442                 //checks parameters on the read command
 443                 if (treefile != "") {
 444                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 445                         filehandle.close();
 446                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 447                                 errorFree = false;
 448                         }
 449                         if (groupfile != "") {
 450                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 451                                 filehandle.close();
 452                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 453                                         errorFree = false;;
 454                                 }
 455                         }
 456                 }
 457         }
 458         catch(exception& e) {
 459                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 460                 exit(1);
 461         }
 462         catch(...) {
 463                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 464                 exit(1);
 465         }
 466 }
 467
 468 /*******************************************************/
 469
 470 /******************************************************/
 471 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 472 // format parameters on a distfile read
 473 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 474         try {
 475                 ifstream filehandle;
 476                 int ableToOpen;
 477
 478                 //checks to make sure only one file type is given
 479                 if (listfile != "") {
 480                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 481                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 482                 }else if (rabundfile != "") {
 483                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 484                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 485                 }else if (sabundfile != "") {
 486                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 487                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 488                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 489                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 490                 }
 491
 492                 //checks parameters on the read command
 493                 if (orderfile != "") {
 494                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 495                         filehandle.close();
 496                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 497                                 errorFree = false;
 498                         }
 499                 }
 500         }
 501         catch(exception& e) {
 502                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 503                 exit(1);
 504         }
 505         catch(...) {
 506                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 507                 exit(1);
 508         }
 509 }
 510 /*******************************************************/
 511
 512 /******************************************************/
 513 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 514 // format parameters on a distfile read
 515 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 516         try {
 517                 ifstream filehandle;
 518                 int ableToOpen;
 519
 520                 //checks to make sure only one file type is given
 521                 if (phylipfile != "") {
 522                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 523                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 524                         else {
 525                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 526                                 filehandle.close();
 527                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 528                                         errorFree = false;
 529                                 }
 530                         }
 531                 }else if (nexusfile != "") {
 532                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 533                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 534                         else {
 535                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 536                                 filehandle.close();
 537                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 538                                         errorFree = false;
 539                                 }
 540                         }
 541                 }else if (fastafile != "") {
 542                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 543                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 544                         else {
 545                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 546                                 filehandle.close();
 547                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 548                                         errorFree = false;
 549                                 }
 550                         }
 551                 }else if (clustalfile != "") {
 552                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 553                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 554                         else {
 555                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 556                                 filehandle.close();
 557                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 558                                         errorFree = false;
 559                                 }
 560                         }
 561
 562                 }
 563
 564         }
 565         catch(exception& e) {
 566                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 567                 exit(1);
 568         }
 569         catch(...) {
 570                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 571                 exit(1);
 572         }
 573 }
 574
 575 /*******************************************************/
 576
 577 /******************************************************/
 578 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 579 // format parameters on a bin.seq command
 580 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 581         try {
 582                 ifstream filehandle;
 583                 int ableToOpen;
 584
 585                 if (fastafile == "") {
 586                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs and get.oturep commands." << endl; errorFree = false;
 587                 }else if (fastafile != "") {
 588                         //is it a valid filename'
 589                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 590                         filehandle.close();
 591                         //unable to open
 592                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 593                 }else if (listfile != "") {
 594                         //is it a valid filename'
 595                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 596                         filehandle.close();
 597                         //unable to open
 598                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 599                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 600                         //is it a valid filename'
 601                         ifstream filehandle;
 602                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 603                         filehandle.close();
 604                         //unable to open
 605                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 606                 }else if (namefile != "") {
 607                         //is it a valid filename'
 608                         ifstream filehandle;
 609                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 610                         filehandle.close();
 611                         //unable to open
 612                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 613                 }
 614
 615
 616         }
 617         catch(exception& e) {
 618                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 619                 exit(1);
 620         }
 621         catch(...) {
 622                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 623                 exit(1);
 624         }
 625 }
 626
 627 /*******************************************************/
 628
 629 /******************************************************/
 630
 631 void ErrorCheck::clear() {
 632         //option definitions should go here...
 633         phylipfile              =       "";
 634         columnfile              =       "";
 635         listfile                =       "";
 636         rabundfile              =       "";
 637         sabundfile              =       "";
 638         namefile                =       "";
 639         groupfile               =       "";
 640         orderfile               =       "";
 641         sharedfile              =       "";
 642         fastafile       =   "";
 643         nexusfile       =   "";
 644         clustalfile     =   "";
 645         line                    =       "";
 646         label                   =       "";
 647         method                  =   "furthest";
 648 }
 649 /*******************************************************/
 650
 651 /******************************************************/
 652