errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26         columnfile = globaldata->getColumnFile();
  27         phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  28         listfile = globaldata->getListFile();
  29         rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  30         sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  31         namefile = globaldata->getNameFile();
  32         groupfile = globaldata->getGroupFile();
  33         orderfile = globaldata->getOrderFile();
  34         fastafile = globaldata->getFastaFile();
  35         treefile = globaldata->getTreeFile();
  36         cutoff = globaldata->getCutOff();
  37         format = globaldata->getFormat();
  38         method = globaldata->getMethod();
  39         randomtree = globaldata->getRandomTree();
  40         sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  41 }
  42
  43 /*******************************************************/
  44
  45 /******************************************************/
  46
  47 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  48         delete validCommand;
  49         delete validParameter;
  50 }
  51
  52 /*******************************************************/
  53
  54 /******************************************************/
  55
  56 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  57                 errorFree = true;
  58                 clear();
  59
  60                 //refresh variable
  61                 refresh();
  62
  63                 //get command name and parameters
  64                 int openParen = input.find_first_of('(');
  65                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  66
  67                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  68                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  69                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  70                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  71                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  72                         return false;
  73                 }
  74
  75                 //is it a valid command
  76                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  77
  78                 string parameter, value;
  79
  80                 //reads in parameters and values
  81                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  82                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  83                                 splitAtComma(value, optionText);
  84                                 splitAtEquals(parameter, value);
  85
  86                                 //is it a valid parameter
  87                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  88
  89
  90
  91                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  92                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  93                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  94                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  96                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  97                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  98                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  99                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 100                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 101                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 102                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 103                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 104                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 105                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 106                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 107                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 108                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 109                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 110                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 111                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 112                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 113                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 114                                 if (parameter == "scaler" )                     { scaler = value;       }
 115
 116                         }
 117
 118                         //gets the last parameter and value
 119                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 120                                 value = optionText;
 121                                 splitAtEquals(parameter, value);
 122                                 //is it a valid parameter
 123                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 124
 125
 126                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 127                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 128                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 129                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 130                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 131                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 132                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 133                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 134                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 135                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 136                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 137                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 138                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 139                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 140                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 141                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 142                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 143                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 144                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 145                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 146                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 147                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 148                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 149                                 if (parameter == "scaler" )                     { scaler = value;       }
 150                         }
 151                 }
 152
 153                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 154                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 155
 156                 //check for valid files
 157                 if (commandName == "read.dist") {
 158                         validateReadFiles();
 159                         validateReadDist();
 160                 }else if (commandName == "read.otu") {
 161                         //you want to do shared commands
 162                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 163                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 164                         //you want to do single commands
 165                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 166                                 validateReadFiles();
 167                                 validateReadPhil();
 168                         //you have not given a file
 169                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 170                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 171                         //you want to do shared commands with a shared file
 172                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 173                                 validateReadFiles();
 174                         }
 175                 }else if (commandName == "read.tree") {
 176                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 177                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 178                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 179                         validateReadFiles();
 180                 }
 181
 182                 //are you trying to cluster before you have read something
 183                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 184                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 185                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 186                                 errorFree = false;
 187                 }
 188
 189                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 190                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 191                 }
 192
 193                 if (commandName == "parsimony") {
 194                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 195                         if (randomtree == "")  {
 196                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 197                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 198                         }
 199                 }
 200
 201                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted")) {
 202                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 203                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted or unifrac.unweighted command." << endl; return false;  }
 204                 }
 205
 206                 //check for valid method
 207                 if(commandName == "get.group") {
 208                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 209                 }
 210                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 211                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 212                 }
 213                 if (commandName == "cluster") {
 214                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 215                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 216                 }
 217
 218                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 219                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 220                 }
 221
 222                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.groups") ){
 223                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 224                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared or tree.groups commands." << endl; return false; }
 225                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared or tree.groups commands." << endl; return false; }
 226                         }
 227                 }
 228
 229                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 230                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 231                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 232                         }
 233                 }
 234
 235                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 236                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 237                         validateBinFiles();
 238                 }
 239
 240                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 241                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 242                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 243                                 errorFree = false;
 244                         }
 245                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 246                         validateBinFiles();
 247                 }
 248
 249
 250                 return errorFree;
 251 }
 252
 253 /*******************************************************/
 254
 255 /******************************************************/
 256 //This function checks to make sure the user entered a file to
 257 // read and that the file exists and can be opened.
 258 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 259         try {
 260                 //Validating files for read
 261                 ifstream filehandle;
 262                 int ableToOpen;
 263
 264                 //are we reading a phylipfile
 265                 if (phylipfile != "") {
 266                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 267                         filehandle.close();
 268                         //unable to open
 269                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 270                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 271                 //are we reading a columnfile
 272                 }else if (columnfile != "") {
 273                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 274                         filehandle.close();
 275                         //unable to open
 276                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 277                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 278                 //are we reading a listfile
 279                 }else if (listfile!= "") {
 280                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 281                         filehandle.close();
 282                         //unable to open
 283                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 284                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 285                 //are we reading a rabundfile
 286                 }else if (rabundfile != "") {
 287                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 288                         filehandle.close();
 289                         //unable to open
 290                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 291                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 292                 //are we reading a sabundfile
 293                 }else if (sabundfile != "") {
 294                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 295                         filehandle.close();
 296                         //unable to open
 297                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 298                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 299                 }else if (fastafile != "") {
 300                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 301                         filehandle.close();
 302                         //unable to open
 303                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 304                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 305                 }else if (sharedfile != "") {
 306                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 307                         filehandle.close();
 308                         //unable to open
 309                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 310                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 311                 }else{ //no file given
 312                         errorFree = false;
 313                 }
 314         }
 315         catch(exception& e) {
 316                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 317                 exit(1);
 318         }
 319         catch(...) {
 320                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 321                 exit(1);
 322         }
 323
 324 }
 325 /*******************************************************/
 326
 327 /******************************************************/
 328 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 329 // format parameters on a distfile read
 330 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 331         try {
 332                 ifstream filehandle;
 333                 int ableToOpen;
 334
 335                 if (groupfile != "") {
 336                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 337                         filehandle.close();
 338                         //unable to open
 339                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 340                 }
 341
 342                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 343                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 344
 345                 if (columnfile != "") {
 346                         if (namefile == "") {
 347                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 348                                 errorFree = false;
 349                         }else {
 350                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 351                                 filehandle.close();
 352                                 //unable to open
 353                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 354                         }
 355                 }
 356         }
 357         catch(exception& e) {
 358                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 359                 exit(1);
 360         }
 361         catch(...) {
 362                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 363                 exit(1);
 364         }
 365 }
 366 /*******************************************************/
 367
 368 /******************************************************/
 369 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 370 // format parameters on a parselistcommand
 371 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 372         try {
 373                 ifstream filehandle;
 374                 int ableToOpen;
 375
 376                 //checks for valid files
 377
 378                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 379                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 380
 381                 //checks parameters on the read command
 382                 if (listfile != "") {
 383                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 384                         filehandle.close();
 385                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 386                                 errorFree = false;
 387                         }
 388                         if (groupfile != "") {
 389                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 390                                 filehandle.close();
 391                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 392                                         errorFree = false;;
 393                                 }
 394                         }
 395                 }
 396         }
 397         catch(exception& e) {
 398                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 399                 exit(1);
 400         }
 401         catch(...) {
 402                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 403                 exit(1);
 404         }
 405 }
 406 /*******************************************************/
 407
 408 /******************************************************/
 409 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 410 // format parameters on a parselistcommand
 411 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 412         try {
 413                 ifstream filehandle;
 414                 int ableToOpen;
 415
 416                 //checks for valid files
 417
 418                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 419                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 420
 421                 //checks parameters on the read command
 422                 if (treefile != "") {
 423                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 424                         filehandle.close();
 425                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 426                                 errorFree = false;
 427                         }
 428                         if (groupfile != "") {
 429                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 430                                 filehandle.close();
 431                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 432                                         errorFree = false;;
 433                                 }
 434                         }
 435                 }
 436         }
 437         catch(exception& e) {
 438                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 439                 exit(1);
 440         }
 441         catch(...) {
 442                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 443                 exit(1);
 444         }
 445 }
 446
 447 /*******************************************************/
 448
 449 /******************************************************/
 450 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 451 // format parameters on a distfile read
 452 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 453         try {
 454                 ifstream filehandle;
 455                 int ableToOpen;
 456
 457                 //checks to make sure only one file type is given
 458                 if (listfile != "") {
 459                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 460                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 461                 }else if (rabundfile != "") {
 462                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 463                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 464                 }else if (sabundfile != "") {
 465                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 466                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 467                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 468                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 469                 }
 470
 471                 //checks parameters on the read command
 472                 if (orderfile != "") {
 473                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 474                         filehandle.close();
 475                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 476                                 errorFree = false;
 477                         }
 478                 }
 479         }
 480         catch(exception& e) {
 481                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 482                 exit(1);
 483         }
 484         catch(...) {
 485                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 486                 exit(1);
 487         }
 488 }
 489 /*******************************************************/
 490
 491 /******************************************************/
 492 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 493 // format parameters on a bin.seq command
 494 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 495         try {
 496                 ifstream filehandle;
 497                 int ableToOpen;
 498
 499                 if (fastafile == "") {
 500                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs and get.oturep commands." << endl; errorFree = false;
 501                 }else if (fastafile != "") {
 502                         //is it a valid filename'
 503                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 504                         filehandle.close();
 505                         //unable to open
 506                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 507                 }else if (listfile != "") {
 508                         //is it a valid filename'
 509                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 510                         filehandle.close();
 511                         //unable to open
 512                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 513                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 514                         //is it a valid filename'
 515                         ifstream filehandle;
 516                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 517                         filehandle.close();
 518                         //unable to open
 519                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 520                 }else if (namefile != "") {
 521                         //is it a valid filename'
 522                         ifstream filehandle;
 523                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 524                         filehandle.close();
 525                         //unable to open
 526                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 527                 }
 528
 529
 530         }
 531         catch(exception& e) {
 532                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 533                 exit(1);
 534         }
 535         catch(...) {
 536                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 537                 exit(1);
 538         }
 539 }
 540
 541 /*******************************************************/
 542
 543 /******************************************************/
 544
 545 void ErrorCheck::clear() {
 546         //option definitions should go here...
 547         phylipfile              =       "";
 548         columnfile              =       "";
 549         listfile                =       "";
 550         rabundfile              =       "";
 551         sabundfile              =       "";
 552         namefile                =       "";
 553         groupfile               =       "";
 554         orderfile               =       "";
 555         sharedfile              =       "";
 556         line                    =       "";
 557         label                   =       "";
 558         method                  =   "furthest";
 559 }
 560 /*******************************************************/
 561
 562 /******************************************************/
 563