errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121
 122                         }
 123
 124                         //gets the last parameter and value
 125                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 126                                 value = optionText;
 127                                 splitAtEquals(parameter, value);
 128                                 //is it a valid parameter
 129                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 130
 131
 132                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 133                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 134                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 135                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 136                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 137                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 138                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 139                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 140                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 141                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 142                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 143                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 144                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 145                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 146                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 147                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 148                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 149                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 150                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 151                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 152                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 153                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 154                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 155                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 156                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 157                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 158                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 159                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 160                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 161                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 162                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 163
 164                         }
 165                 }
 166
 167                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 168                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 169
 170                 //check for valid files
 171                 if (commandName == "read.dist") {
 172                         validateReadFiles();
 173                         validateReadDist();
 174                 }else if (commandName == "read.otu") {
 175                         //you want to do shared commands
 176                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 177                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 178                         //you want to do single commands
 179                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 180                                 validateReadFiles();
 181                                 validateReadPhil();
 182                         //you have not given a file
 183                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 184                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 185                         //you want to do shared commands with a shared file
 186                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 187                                 validateReadFiles();
 188                         }
 189                 }else if (commandName == "read.tree") {
 190                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 191                 }else if (commandName == "read.seqs") {
 192                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) { cout << "You must enter a fastafile, nexusfile, or clustalfile with the read.seqs() command." << endl; return false; }
 193                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 194                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 195                         validateReadFiles();
 196                 }
 197
 198                 //are you trying to cluster before you have read something
 199                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 200                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 201                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 202                                 errorFree = false;
 203                 }
 204
 205                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 206                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 207                 }
 208
 209                 if (commandName == "parsimony") {
 210                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 211                         if (randomtree == "")  {
 212                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 213                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 214                         }
 215                 }
 216
 217                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 218                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 219                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 220                 }
 221
 222                 //check for valid method
 223                 if(commandName == "get.group") {
 224                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 225                 }
 226                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 227                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 228                 }
 229                 if (commandName == "cluster") {
 230                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 231                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 232                 }
 233
 234                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 235                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 236                 }
 237
 238                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared")){
 239                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 240                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 241                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 242                         }
 243                 }
 244
 245                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 246                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 247                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 248                         }
 249                 }
 250
 251                 if (commandName == "filter.seqs"){
 252                         if ((globaldata->getFastaFile() == "") && (globaldata->getNexusFile() == "") && (globaldata->getClustalFile() == "") && (globaldata->getPhylipFile() == "")) {
 253                                  cout << "You must read either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs command." << endl; return false;
 254                         }
 255                 }
 256
 257                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 258                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 259                         validateBinFiles();
 260                 }
 261
 262                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 263                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 264                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 265                                 errorFree = false;
 266                         }
 267                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 268                         validateBinFiles();
 269                 }
 270
 271
 272                 return errorFree;
 273 }
 274
 275 /*******************************************************/
 276
 277 /******************************************************/
 278 //This function checks to make sure the user entered a file to
 279 // read and that the file exists and can be opened.
 280 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 281         try {
 282                 //Validating files for read
 283                 ifstream filehandle;
 284                 int ableToOpen;
 285
 286                 //are we reading a phylipfile
 287                 if (phylipfile != "") {
 288                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 289                         filehandle.close();
 290                         //unable to open
 291                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 292                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 293                 //are we reading a columnfile
 294                 }else if (columnfile != "") {
 295                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 296                         filehandle.close();
 297                         //unable to open
 298                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 299                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 300                 //are we reading a listfile
 301                 }else if (listfile!= "") {
 302                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 303                         filehandle.close();
 304                         //unable to open
 305                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 306                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 307                 //are we reading a rabundfile
 308                 }else if (rabundfile != "") {
 309                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 310                         filehandle.close();
 311                         //unable to open
 312                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 313                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 314                 //are we reading a sabundfile
 315                 }else if (sabundfile != "") {
 316                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 317                         filehandle.close();
 318                         //unable to open
 319                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 320                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 321                 }else if (fastafile != "") {
 322                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 323                         filehandle.close();
 324                         //unable to open
 325                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 326                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 327                 }else if (sharedfile != "") {
 328                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 329                         filehandle.close();
 330                         //unable to open
 331                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 332                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 333                 }else{ //no file given
 334                         errorFree = false;
 335                 }
 336         }
 337         catch(exception& e) {
 338                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 339                 exit(1);
 340         }
 341         catch(...) {
 342                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 343                 exit(1);
 344         }
 345
 346 }
 347 /*******************************************************/
 348
 349 /******************************************************/
 350 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 351 // format parameters on a distfile read
 352 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 353         try {
 354                 ifstream filehandle;
 355                 int ableToOpen;
 356
 357                 if (groupfile != "") {
 358                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 359                         filehandle.close();
 360                         //unable to open
 361                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 362                 }
 363
 364                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 365                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 366
 367                 if (columnfile != "") {
 368                         if (namefile == "") {
 369                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 370                                 errorFree = false;
 371                         }else {
 372                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 373                                 filehandle.close();
 374                                 //unable to open
 375                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 376                         }
 377                 }
 378         }
 379         catch(exception& e) {
 380                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 381                 exit(1);
 382         }
 383         catch(...) {
 384                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 385                 exit(1);
 386         }
 387 }
 388 /*******************************************************/
 389
 390 /******************************************************/
 391 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 392 // format parameters on a parselistcommand
 393 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 394         try {
 395                 ifstream filehandle;
 396                 int ableToOpen;
 397
 398                 //checks for valid files
 399
 400                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 401                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 402
 403                 //checks parameters on the read command
 404                 if (listfile != "") {
 405                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 406                         filehandle.close();
 407                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 408                                 errorFree = false;
 409                         }
 410                         if (groupfile != "") {
 411                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 412                                 filehandle.close();
 413                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 414                                         errorFree = false;;
 415                                 }
 416                         }
 417                 }
 418         }
 419         catch(exception& e) {
 420                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 421                 exit(1);
 422         }
 423         catch(...) {
 424                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 425                 exit(1);
 426         }
 427 }
 428 /*******************************************************/
 429
 430 /******************************************************/
 431 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 432 // format parameters on a parselistcommand
 433 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 434         try {
 435                 ifstream filehandle;
 436                 int ableToOpen;
 437
 438                 //checks for valid files
 439
 440                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 441                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 442
 443                 //checks parameters on the read command
 444                 if (treefile != "") {
 445                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 446                         filehandle.close();
 447                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 448                                 errorFree = false;
 449                         }
 450                         if (groupfile != "") {
 451                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 452                                 filehandle.close();
 453                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 454                                         errorFree = false;;
 455                                 }
 456                         }
 457                 }
 458         }
 459         catch(exception& e) {
 460                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 461                 exit(1);
 462         }
 463         catch(...) {
 464                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 465                 exit(1);
 466         }
 467 }
 468
 469 /*******************************************************/
 470
 471 /******************************************************/
 472 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 473 // format parameters on a distfile read
 474 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 475         try {
 476                 ifstream filehandle;
 477                 int ableToOpen;
 478
 479                 //checks to make sure only one file type is given
 480                 if (listfile != "") {
 481                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 482                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 483                 }else if (rabundfile != "") {
 484                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 485                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 486                 }else if (sabundfile != "") {
 487                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 488                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 489                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 490                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 491                 }
 492
 493                 //checks parameters on the read command
 494                 if (orderfile != "") {
 495                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 496                         filehandle.close();
 497                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 498                                 errorFree = false;
 499                         }
 500                 }
 501         }
 502         catch(exception& e) {
 503                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 504                 exit(1);
 505         }
 506         catch(...) {
 507                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 508                 exit(1);
 509         }
 510 }
 511 /*******************************************************/
 512
 513 /******************************************************/
 514 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 515 // format parameters on a bin.seq command
 516 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 517         try {
 518                 ifstream filehandle;
 519                 int ableToOpen;
 520
 521                 if (fastafile == "") {
 522                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs and get.oturep commands." << endl; errorFree = false;
 523                 }else if (fastafile != "") {
 524                         //is it a valid filename'
 525                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 526                         filehandle.close();
 527                         //unable to open
 528                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 529                 }else if (listfile != "") {
 530                         //is it a valid filename'
 531                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 532                         filehandle.close();
 533                         //unable to open
 534                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 535                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 536                         //is it a valid filename'
 537                         ifstream filehandle;
 538                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 539                         filehandle.close();
 540                         //unable to open
 541                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 542                 }else if (namefile != "") {
 543                         //is it a valid filename'
 544                         ifstream filehandle;
 545                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 546                         filehandle.close();
 547                         //unable to open
 548                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 549                 }
 550
 551
 552         }
 553         catch(exception& e) {
 554                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 555                 exit(1);
 556         }
 557         catch(...) {
 558                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 559                 exit(1);
 560         }
 561 }
 562
 563 /*******************************************************/
 564
 565 /******************************************************/
 566
 567 void ErrorCheck::clear() {
 568         //option definitions should go here...
 569         phylipfile              =       "";
 570         columnfile              =       "";
 571         listfile                =       "";
 572         rabundfile              =       "";
 573         sabundfile              =       "";
 574         namefile                =       "";
 575         groupfile               =       "";
 576         orderfile               =       "";
 577         sharedfile              =       "";
 578         fastafile       =   "";
 579         nexusfile       =   "";
 580         clustalfile     =   "";
 581         line                    =       "";
 582         label                   =       "";
 583         method                  =   "furthest";
 584 }
 585 /*******************************************************/
 586
 587 /******************************************************/
 588