errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
  99                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 100                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 101                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 102                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 103                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 104                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 105                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 106                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 107                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 108                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 109                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 110                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 111                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 112                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 113                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 114                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 115                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 116                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 117                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 118                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 119                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 120                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 121                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 122                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 123                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 124                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 125                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 126                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 127                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 128                         }
 129
 130                         //gets the last parameter and value
 131                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 132                                 value = optionText;
 133                                 splitAtEquals(parameter, value);
 134                                 //is it a valid parameter
 135                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 136
 137
 138                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 139                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 140                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 141                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 142                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 143                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 144                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 145                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 146                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 147                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 148                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 149                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 150                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 151                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 152                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 153                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 154                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 155                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 156                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 157                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 158                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 159                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 160                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 161                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 162                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 163                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 164                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 165                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 166                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 167                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 168                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 169                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 170                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 171                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 172                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 173                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 174                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 175                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 176
 177                         }
 178                 }
 179
 180                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 181                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 182
 183                 //check for valid files
 184                 if (commandName == "read.dist") {
 185                         validateReadFiles();
 186                         validateReadDist();
 187                 }else if (commandName == "read.otu") {
 188                         //you want to do shared commands
 189                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 190                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 191                         //you want to do single commands
 192                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 193                                 validateReadFiles();
 194                                 validateReadPhil();
 195                         //you have not given a file
 196                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 197                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 198                         //you want to do shared commands with a shared file
 199                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 200                                 validateReadFiles();
 201                         }
 202                 }else if (commandName == "read.tree") {
 203                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 204                 }else if (commandName == "unique.seqs") {
 205                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the unique.seqs() command." << endl; return false; }
 206                         validateReadFiles();
 207                 }
 208
 209                 //are you trying to cluster before you have read something
 210                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 211                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 212                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 213                                 errorFree = false;
 214                 }
 215
 216                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 217                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 218                 }
 219
 220                 if (commandName == "parsimony") {
 221                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 222                         if (randomtree == "")  {
 223                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 224                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 225                         }
 226                 }
 227
 228                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 229                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 230                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 231                 }
 232
 233                 //check for valid method
 234                 if(commandName == "get.group") {
 235                         if ((globaldata->getSharedFile() == "")) { cout << "You must read a groupfile or a sharedfile before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 236                 }
 237                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 238                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 239                 }
 240                 if (commandName == "cluster") {
 241                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 242                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 243                 }
 244
 245                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single")){
 246                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if (commandName == "get.rabund") {
 250                         if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a listfile before you can use the get.rabund command." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if (commandName == "get.sabund") {
 254                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "")) { cout << "You must read a list or rabund before you can use the get.sabund command." << endl; return false; }
 255                 }
 256
 257                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "bootstrap.shared") || (commandName == "dist.shared")){
 258                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 259                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 260                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 261                         }
 262                 }
 263
 264                 if  (commandName == "tree.shared")  {
 265                         //given no files
 266                         if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile == "") && (columnfile == "")))  { cout << "You must run the read.otu command or provide a distance file before running the tree.shared command." << endl; return false; }
 267                         //you want to do single commands
 268                         else if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile != "") || (columnfile != ""))) {
 269                                 validateReadDist();
 270                         }
 271                 }
 272
 273                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 274                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 275                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 276                         }
 277                 }
 278
 279                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs")) {
 280                         if (fastafile == "") {
 281                                  cout << "You must enter either a fasta file before you can use the filter.seqs or dist.seqs command." << endl; return false;
 282                         }
 283                         validateReadFiles();
 284                 }
 285
 286                 if (commandName == "align.seqs") {
 287                         if ((fastafile == "") || (candidatefile == "")) {
 288                                 cout << "You must enter fasta and a candidate file to use the align.seqs command." << endl; return false;
 289                         }
 290                         validateReadFiles();
 291
 292                         ifstream filehandle;
 293                         int ableToOpen = openInputFile(candidatefile, filehandle);
 294                         filehandle.close();
 295                         //unable to open
 296                         if (ableToOpen == 1) {  return false; }
 297                 }
 298
 299                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 300                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs commands." << endl; return false; }
 301                         validateBinFiles();
 302                 }
 303
 304
 305                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 306                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 307                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 308                                 errorFree = false;
 309                         }
 310                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 311                         if (fastafile == "") { cout << "fasta is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 312                         validateBinFiles();
 313                 }
 314
 315
 316                 return errorFree;
 317 }
 318
 319 /*******************************************************/
 320
 321 /******************************************************/
 322 //This function checks to make sure the user entered a file to
 323 // read and that the file exists and can be opened.
 324 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 325         try {
 326                 //Validating files for read
 327                 ifstream filehandle;
 328                 int ableToOpen;
 329
 330                 //are we reading a phylipfile
 331                 if (phylipfile != "") {
 332                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 333                         filehandle.close();
 334                         //unable to open
 335                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 336                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 337                 //are we reading a columnfile
 338                 }else if (columnfile != "") {
 339                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 340                         filehandle.close();
 341                         //unable to open
 342                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 343                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 344                 //are we reading a listfile
 345                 }else if (listfile!= "") {
 346                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 347                         filehandle.close();
 348                         //unable to open
 349                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 350                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 351                 //are we reading a rabundfile
 352                 }else if (rabundfile != "") {
 353                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 354                         filehandle.close();
 355                         //unable to open
 356                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 357                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 358                 //are we reading a sabundfile
 359                 }else if (sabundfile != "") {
 360                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 361                         filehandle.close();
 362                         //unable to open
 363                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 364                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 365                 }else if (fastafile != "") {
 366                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 367                         filehandle.close();
 368                         //unable to open
 369                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 370                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 371                 }else if (sharedfile != "") {
 372                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 373                         filehandle.close();
 374                         //unable to open
 375                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 376                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 377                 }else if (groupfile != "") {
 378                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 379                         filehandle.close();
 380                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 381                                 errorFree = false;
 382                         }
 383                 }else{ //no file given
 384                         errorFree = false;
 385                 }
 386         }
 387         catch(exception& e) {
 388                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 389                 exit(1);
 390         }
 391         catch(...) {
 392                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 393                 exit(1);
 394         }
 395
 396 }
 397 /*******************************************************/
 398
 399 /******************************************************/
 400 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 401 // format parameters on a distfile read
 402 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 403         try {
 404                 ifstream filehandle;
 405                 int ableToOpen;
 406
 407                 if (groupfile != "") {
 408                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 409                         filehandle.close();
 410                         //unable to open
 411                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 412                 }
 413
 414                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 415                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 416
 417                 if (columnfile != "") {
 418                         if (namefile == "") {
 419                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 420                                 errorFree = false;
 421                         }else {
 422                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 423                                 filehandle.close();
 424                                 //unable to open
 425                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 426                         }
 427                 }
 428         }
 429         catch(exception& e) {
 430                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 431                 exit(1);
 432         }
 433         catch(...) {
 434                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 435                 exit(1);
 436         }
 437 }
 438 /*******************************************************/
 439
 440 /******************************************************/
 441 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 442 // format parameters on a parselistcommand
 443 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 444         try {
 445                 ifstream filehandle;
 446                 int ableToOpen;
 447
 448                 //checks for valid files
 449
 450                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 451                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 452
 453                 //checks parameters on the read command
 454                 if (listfile != "") {
 455                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 456                         filehandle.close();
 457                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 458                                 errorFree = false;
 459                         }
 460                         if (groupfile != "") {
 461                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 462                                 filehandle.close();
 463                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 464                                         errorFree = false;
 465                                 }
 466                         }
 467                 }
 468         }
 469         catch(exception& e) {
 470                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 471                 exit(1);
 472         }
 473         catch(...) {
 474                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 475                 exit(1);
 476         }
 477 }
 478 /*******************************************************/
 479
 480 /******************************************************/
 481 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 482 // format parameters on a parselistcommand
 483 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 484         try {
 485                 ifstream filehandle;
 486                 int ableToOpen;
 487
 488                 //checks for valid files
 489
 490                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 491                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 492
 493                 //checks parameters on the read command
 494                 if (treefile != "") {
 495                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 496                         filehandle.close();
 497                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 498                                 errorFree = false;
 499                         }
 500                         if (groupfile != "") {
 501                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 502                                 filehandle.close();
 503                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 504                                         errorFree = false;;
 505                                 }
 506                         }
 507                 }
 508         }
 509         catch(exception& e) {
 510                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 511                 exit(1);
 512         }
 513         catch(...) {
 514                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 515                 exit(1);
 516         }
 517 }
 518
 519 /*******************************************************/
 520
 521 /******************************************************/
 522 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 523 // format parameters on a distfile read
 524 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 525         try {
 526                 ifstream filehandle;
 527                 int ableToOpen;
 528
 529                 //checks to make sure only one file type is given
 530                 if (listfile != "") {
 531                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 532                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 533                 }else if (rabundfile != "") {
 534                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 535                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 536                 }else if (sabundfile != "") {
 537                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 538                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 539                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 540                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 541                 }
 542
 543                 //checks parameters on the read command
 544                 if (orderfile != "") {
 545                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 546                         filehandle.close();
 547                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 548                                 errorFree = false;
 549                         }
 550                 }
 551         }
 552         catch(exception& e) {
 553                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 554                 exit(1);
 555         }
 556         catch(...) {
 557                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 558                 exit(1);
 559         }
 560 }
 561 /*******************************************************/
 562
 563 /******************************************************/
 564 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 565 // format parameters on a bin.seq command
 566 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 567         try {
 568                 ifstream filehandle;
 569                 int ableToOpen;
 570
 571                 if (fastafile == "") {
 572                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 573                 }else if (fastafile != "") {
 574                         //is it a valid filename'
 575                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 576                         filehandle.close();
 577                         //unable to open
 578                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 579                 }else if (listfile != "") {
 580                         //is it a valid filename'
 581                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 582                         filehandle.close();
 583                         //unable to open
 584                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 585                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 586                         //is it a valid filename'
 587                         ifstream filehandle;
 588                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 589                         filehandle.close();
 590                         //unable to open
 591                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 592                 }else if (namefile != "") {
 593                         //is it a valid filename'
 594                         ifstream filehandle;
 595                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 596                         filehandle.close();
 597                         //unable to open
 598                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 599                 }else if (groupfile != "") {
 600                         //is it a valid filename'
 601                         ifstream filehandle;
 602                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 603                         filehandle.close();
 604                         //unable to open
 605                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 606                 }
 607         }
 608         catch(exception& e) {
 609                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 610                 exit(1);
 611         }
 612         catch(...) {
 613                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 614                 exit(1);
 615         }
 616 }
 617
 618 /*******************************************************/
 619
 620 /******************************************************/
 621
 622 void ErrorCheck::clear() {
 623         //option definitions should go here...
 624         phylipfile              =       "";
 625         columnfile              =       "";
 626         listfile                =       "";
 627         rabundfile              =       "";
 628         sabundfile              =       "";
 629         namefile                =       "";
 630         groupfile               =       "";
 631         orderfile               =       "";
 632         sharedfile              =       "";
 633         fastafile       =   "";
 634         candidatefile   =       "";
 635         line                    =       "";
 636         label                   =       "";
 637         method                  =   "furthest";
 638 }
 639 /*******************************************************/
 640
 641 /******************************************************/
 642