errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 122                                 if (parameter == "template")            { templatefile = value; }
 123                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 124                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 125                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 126                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 127                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 128                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 129                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 130                         }
 131
 132                         //gets the last parameter and value
 133                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 134                                 value = optionText;
 135                                 splitAtEquals(parameter, value);
 136                                 //is it a valid parameter
 137                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 138
 139
 140                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 141                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 142                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 143                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 144                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 145                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 146                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 147                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 148                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 149                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 150                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 151                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 152                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 153                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 154                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 155                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 156                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 157                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 158                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 159                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 160                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 161                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 162                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 163                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 164                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 165                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 166                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 167                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 168                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 169                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 170                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 171                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 172                                 if (parameter == "template")            { templatefile = value; }
 173                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 174                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 175                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 176                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 177                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 178                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 179                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 180
 181                         }
 182                 }
 183
 184                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 185                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 186
 187                 //check for valid files
 188                 if (commandName == "read.dist") {
 189                         validateReadFiles();
 190                         validateReadDist();
 191                 }else if (commandName == "read.otu") {
 192                         //you want to do shared commands
 193                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 194                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 195                         //you want to do single commands
 196                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 197                                 validateReadFiles();
 198                                 validateReadPhil();
 199                         //you have not given a file
 200                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 201                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 202                         //you want to do shared commands with a shared file
 203                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 204                                 validateReadFiles();
 205                         }
 206                 }else if (commandName == "read.tree") {
 207                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 208                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 209                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 210                         validateReadFiles();
 211                 }
 212
 213                 //are you trying to cluster before you have read something
 214                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 215                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 216                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 217                                 errorFree = false;
 218                 }
 219
 220                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 221                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 222                 }
 223
 224                 if (commandName == "parsimony") {
 225                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 226                         if (randomtree == "")  {
 227                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 228                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 233                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 234                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 235                 }
 236
 237                 //check for valid method
 238                 if(commandName == "get.group") {
 239                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 240                 }
 241                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 242                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 243                 }
 244                 if (commandName == "cluster") {
 245                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 246                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 250                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared")){
 254                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 255                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 256                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 257                         }
 258                 }
 259
 260                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 261                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 262                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 263                         }
 264                 }
 265
 266                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs") || (commandName == "align.seqs")) {
 267                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 268                                  cout << "You must enter either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs, dist.seqs or align.seqs command." << endl; return false;
 269                         }else if ((commandName == "align.seqs") && (templatefile == "")) {
 270                                 cout << "You must enter a template to use the align.seqs command." << endl; return false;
 271                         }
 272                         validateSeqsFiles();
 273                 }
 274
 275                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 276                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 277                         validateBinFiles();
 278                 }
 279
 280                 if ((commandName == "get.repseqs")) {
 281                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the get.repseqs command." << endl; return false; }
 282                         else if (groupfile == "") { cout << "You must provide a groupfile before you can use the get.repseqs command." << endl; return false; }
 283                         validateBinFiles();
 284                 }
 285
 286
 287                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 288                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 289                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 290                                 errorFree = false;
 291                         }
 292                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 293                         validateBinFiles();
 294                 }
 295
 296
 297                 return errorFree;
 298 }
 299
 300 /*******************************************************/
 301
 302 /******************************************************/
 303 //This function checks to make sure the user entered a file to
 304 // read and that the file exists and can be opened.
 305 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 306         try {
 307                 //Validating files for read
 308                 ifstream filehandle;
 309                 int ableToOpen;
 310
 311                 //are we reading a phylipfile
 312                 if (phylipfile != "") {
 313                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 314                         filehandle.close();
 315                         //unable to open
 316                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 317                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 318                 //are we reading a columnfile
 319                 }else if (columnfile != "") {
 320                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 321                         filehandle.close();
 322                         //unable to open
 323                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 324                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 325                 //are we reading a listfile
 326                 }else if (listfile!= "") {
 327                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 328                         filehandle.close();
 329                         //unable to open
 330                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 331                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 332                 //are we reading a rabundfile
 333                 }else if (rabundfile != "") {
 334                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 335                         filehandle.close();
 336                         //unable to open
 337                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 338                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 339                 //are we reading a sabundfile
 340                 }else if (sabundfile != "") {
 341                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 342                         filehandle.close();
 343                         //unable to open
 344                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 345                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 346                 }else if (fastafile != "") {
 347                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 348                         filehandle.close();
 349                         //unable to open
 350                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 351                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 352                 }else if (sharedfile != "") {
 353                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 354                         filehandle.close();
 355                         //unable to open
 356                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 357                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 358                 }else{ //no file given
 359                         errorFree = false;
 360                 }
 361         }
 362         catch(exception& e) {
 363                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 364                 exit(1);
 365         }
 366         catch(...) {
 367                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 368                 exit(1);
 369         }
 370
 371 }
 372 /*******************************************************/
 373
 374 /******************************************************/
 375 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 376 // format parameters on a distfile read
 377 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 378         try {
 379                 ifstream filehandle;
 380                 int ableToOpen;
 381
 382                 if (groupfile != "") {
 383                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 384                         filehandle.close();
 385                         //unable to open
 386                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 387                 }
 388
 389                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 390                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 391
 392                 if (columnfile != "") {
 393                         if (namefile == "") {
 394                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 395                                 errorFree = false;
 396                         }else {
 397                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 398                                 filehandle.close();
 399                                 //unable to open
 400                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 401                         }
 402                 }
 403         }
 404         catch(exception& e) {
 405                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 406                 exit(1);
 407         }
 408         catch(...) {
 409                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 410                 exit(1);
 411         }
 412 }
 413 /*******************************************************/
 414
 415 /******************************************************/
 416 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 417 // format parameters on a parselistcommand
 418 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 419         try {
 420                 ifstream filehandle;
 421                 int ableToOpen;
 422
 423                 //checks for valid files
 424
 425                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 426                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 427
 428                 //checks parameters on the read command
 429                 if (listfile != "") {
 430                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 431                         filehandle.close();
 432                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 433                                 errorFree = false;
 434                         }
 435                         if (groupfile != "") {
 436                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 437                                 filehandle.close();
 438                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 439                                         errorFree = false;;
 440                                 }
 441                         }
 442                 }
 443         }
 444         catch(exception& e) {
 445                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 446                 exit(1);
 447         }
 448         catch(...) {
 449                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 450                 exit(1);
 451         }
 452 }
 453 /*******************************************************/
 454
 455 /******************************************************/
 456 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 457 // format parameters on a parselistcommand
 458 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 459         try {
 460                 ifstream filehandle;
 461                 int ableToOpen;
 462
 463                 //checks for valid files
 464
 465                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 466                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 467
 468                 //checks parameters on the read command
 469                 if (treefile != "") {
 470                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 471                         filehandle.close();
 472                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 473                                 errorFree = false;
 474                         }
 475                         if (groupfile != "") {
 476                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 477                                 filehandle.close();
 478                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 479                                         errorFree = false;;
 480                                 }
 481                         }
 482                 }
 483         }
 484         catch(exception& e) {
 485                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 486                 exit(1);
 487         }
 488         catch(...) {
 489                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 490                 exit(1);
 491         }
 492 }
 493
 494 /*******************************************************/
 495
 496 /******************************************************/
 497 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 498 // format parameters on a distfile read
 499 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 500         try {
 501                 ifstream filehandle;
 502                 int ableToOpen;
 503
 504                 //checks to make sure only one file type is given
 505                 if (listfile != "") {
 506                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 507                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 508                 }else if (rabundfile != "") {
 509                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 510                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 511                 }else if (sabundfile != "") {
 512                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 513                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 514                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 515                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 516                 }
 517
 518                 //checks parameters on the read command
 519                 if (orderfile != "") {
 520                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 521                         filehandle.close();
 522                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 523                                 errorFree = false;
 524                         }
 525                 }
 526         }
 527         catch(exception& e) {
 528                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 529                 exit(1);
 530         }
 531         catch(...) {
 532                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 533                 exit(1);
 534         }
 535 }
 536 /*******************************************************/
 537
 538 /******************************************************/
 539 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 540 // format parameters on a distfile read
 541 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 542         try {
 543                 ifstream filehandle;
 544                 int ableToOpen;
 545
 546                 //checks to make sure only one file type is given
 547                 if (phylipfile != "") {
 548                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 549                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 550                         else {
 551                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 552                                 filehandle.close();
 553                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 554                                         errorFree = false;
 555                                 }
 556                         }
 557                 }else if (nexusfile != "") {
 558                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 559                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 560                         else {
 561                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 562                                 filehandle.close();
 563                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 564                                         errorFree = false;
 565                                 }
 566                         }
 567                 }else if (fastafile != "") {
 568                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 569                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 570                         else {
 571                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 572                                 filehandle.close();
 573                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 574                                         errorFree = false;
 575                                 }
 576                         }
 577                 }else if (clustalfile != "") {
 578                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 579                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 580                         else {
 581                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 582                                 filehandle.close();
 583                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 584                                         errorFree = false;
 585                                 }
 586                         }
 587                 }else if (templatefile != "") {
 588                         ableToOpen = openInputFile(templatefile, filehandle);
 589                         filehandle.close();
 590                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 591                                 errorFree = false;
 592                         }
 593                 }
 594
 595
 596         }
 597         catch(exception& e) {
 598                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 599                 exit(1);
 600         }
 601         catch(...) {
 602                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 603                 exit(1);
 604         }
 605 }
 606
 607 /*******************************************************/
 608
 609 /******************************************************/
 610 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 611 // format parameters on a bin.seq command
 612 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 613         try {
 614                 ifstream filehandle;
 615                 int ableToOpen;
 616
 617                 if (fastafile == "") {
 618                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 619                 }else if (fastafile != "") {
 620                         //is it a valid filename'
 621                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 622                         filehandle.close();
 623                         //unable to open
 624                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 625                 }else if (listfile != "") {
 626                         //is it a valid filename'
 627                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 628                         filehandle.close();
 629                         //unable to open
 630                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 631                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 632                         //is it a valid filename'
 633                         ifstream filehandle;
 634                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 635                         filehandle.close();
 636                         //unable to open
 637                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 638                 }else if (namefile != "") {
 639                         //is it a valid filename'
 640                         ifstream filehandle;
 641                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 642                         filehandle.close();
 643                         //unable to open
 644                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 645                 }else if (groupfile != "") {
 646                         //is it a valid filename'
 647                         ifstream filehandle;
 648                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 649                         filehandle.close();
 650                         //unable to open
 651                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 652                 }
 653
 654
 655
 656         }
 657         catch(exception& e) {
 658                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 659                 exit(1);
 660         }
 661         catch(...) {
 662                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 663                 exit(1);
 664         }
 665 }
 666
 667 /*******************************************************/
 668
 669 /******************************************************/
 670
 671 void ErrorCheck::clear() {
 672         //option definitions should go here...
 673         phylipfile              =       "";
 674         columnfile              =       "";
 675         listfile                =       "";
 676         rabundfile              =       "";
 677         sabundfile              =       "";
 678         namefile                =       "";
 679         groupfile               =       "";
 680         orderfile               =       "";
 681         sharedfile              =       "";
 682         fastafile       =   "";
 683         nexusfile       =   "";
 684         clustalfile     =   "";
 685         templatefile    =       "";
 686         line                    =       "";
 687         label                   =       "";
 688         method                  =   "furthest";
 689 }
 690 /*******************************************************/
 691
 692 /******************************************************/
 693