errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 122                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 123                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 124                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 125                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 126                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 127                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 128                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 129                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 130                         }
 131
 132                         //gets the last parameter and value
 133                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 134                                 value = optionText;
 135                                 splitAtEquals(parameter, value);
 136                                 //is it a valid parameter
 137                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 138
 139
 140                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 141                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 142                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 143                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 144                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 145                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 146                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 147                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 148                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 149                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 150                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 151                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 152                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 153                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 154                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 155                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 156                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 157                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 158                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 159                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 160                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 161                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 162                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 163                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 164                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 165                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 166                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 167                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 168                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 169                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 170                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 171                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 172                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 173                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 174                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 175                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 176                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 177                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 178                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 179                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 180
 181                         }
 182                 }
 183
 184                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 185                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 186
 187                 //check for valid files
 188                 if (commandName == "read.dist") {
 189                         validateReadFiles();
 190                         validateReadDist();
 191                 }else if (commandName == "read.otu") {
 192                         //you want to do shared commands
 193                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 194                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 195                         //you want to do single commands
 196                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 197                                 validateReadFiles();
 198                                 validateReadPhil();
 199                         //you have not given a file
 200                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 201                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 202                         //you want to do shared commands with a shared file
 203                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 204                                 validateReadFiles();
 205                         }
 206                 }else if (commandName == "read.tree") {
 207                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 208                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 209                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 210                         validateReadFiles();
 211                 }
 212
 213                 //are you trying to cluster before you have read something
 214                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 215                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 216                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 217                                 errorFree = false;
 218                 }
 219
 220                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 221                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 222                 }
 223
 224                 if (commandName == "parsimony") {
 225                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 226                         if (randomtree == "")  {
 227                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 228                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 233                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 234                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 235                 }
 236
 237                 //check for valid method
 238                 if(commandName == "get.group") {
 239                         if ((globaldata->getSharedFile() == "")) { cout << "You must read a groupfile or a sharedfile before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 240                 }
 241                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 242                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 243                 }
 244                 if (commandName == "cluster") {
 245                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 246                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single")){
 250                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if (commandName == "get.rabund") {
 254                         if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a listfile before you can use the get.rabund command." << endl; return false; }
 255                 }
 256
 257                 if (commandName == "get.sabund") {
 258                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "")) { cout << "You must read a list or rabund before you can use the get.sabund command." << endl; return false; }
 259                 }
 260
 261                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "bootstrap.shared") || (commandName == "dist.shared")){
 262                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 263                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 264                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 265                         }
 266                 }
 267
 268                 if  (commandName == "tree.shared")  {
 269                         //given no files
 270                         if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile == "") && (columnfile == "")))  { cout << "You must run the read.otu command or provide a distance file before running the tree.shared command." << endl; return false; }
 271                         //you want to do single commands
 272                         else if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile != "") || (columnfile != ""))) {
 273                                 validateReadDist();
 274                         }
 275                 }
 276
 277                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 278                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 279                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 280                         }
 281                 }
 282
 283                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs")) {
 284                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 285                                  cout << "You must enter either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs or dist.seqs command." << endl; return false;
 286                         }
 287                         validateSeqsFiles();
 288                 }
 289
 290                 if (commandName == "align.seqs") {
 291                         if ((fastafile == "") || (candidatefile == "")) {
 292                                 cout << "You must enter fasta and a candidate file to use the align.seqs command." << endl; return false;
 293                         }
 294                         validateSeqsFiles();
 295                 }
 296
 297                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 298                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs commands." << endl; return false; }
 299                         validateBinFiles();
 300                 }
 301
 302
 303                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 304                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 305                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 306                                 errorFree = false;
 307                         }
 308                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 309                         if (fastafile == "") { cout << "fasta is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 310                         validateBinFiles();
 311                 }
 312
 313
 314                 return errorFree;
 315 }
 316
 317 /*******************************************************/
 318
 319 /******************************************************/
 320 //This function checks to make sure the user entered a file to
 321 // read and that the file exists and can be opened.
 322 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 323         try {
 324                 //Validating files for read
 325                 ifstream filehandle;
 326                 int ableToOpen;
 327
 328                 //are we reading a phylipfile
 329                 if (phylipfile != "") {
 330                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 331                         filehandle.close();
 332                         //unable to open
 333                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 334                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 335                 //are we reading a columnfile
 336                 }else if (columnfile != "") {
 337                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 338                         filehandle.close();
 339                         //unable to open
 340                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 341                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 342                 //are we reading a listfile
 343                 }else if (listfile!= "") {
 344                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 345                         filehandle.close();
 346                         //unable to open
 347                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 348                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 349                 //are we reading a rabundfile
 350                 }else if (rabundfile != "") {
 351                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 352                         filehandle.close();
 353                         //unable to open
 354                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 355                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 356                 //are we reading a sabundfile
 357                 }else if (sabundfile != "") {
 358                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 359                         filehandle.close();
 360                         //unable to open
 361                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 362                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 363                 }else if (fastafile != "") {
 364                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 365                         filehandle.close();
 366                         //unable to open
 367                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 368                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 369                 }else if (sharedfile != "") {
 370                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 371                         filehandle.close();
 372                         //unable to open
 373                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 374                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 375                 }else if (groupfile != "") {
 376                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 377                         filehandle.close();
 378                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 379                                 errorFree = false;
 380                         }
 381                 }else{ //no file given
 382                         errorFree = false;
 383                 }
 384         }
 385         catch(exception& e) {
 386                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 387                 exit(1);
 388         }
 389         catch(...) {
 390                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 391                 exit(1);
 392         }
 393
 394 }
 395 /*******************************************************/
 396
 397 /******************************************************/
 398 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 399 // format parameters on a distfile read
 400 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 401         try {
 402                 ifstream filehandle;
 403                 int ableToOpen;
 404
 405                 if (groupfile != "") {
 406                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 407                         filehandle.close();
 408                         //unable to open
 409                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 410                 }
 411
 412                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 413                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 414
 415                 if (columnfile != "") {
 416                         if (namefile == "") {
 417                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 418                                 errorFree = false;
 419                         }else {
 420                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 421                                 filehandle.close();
 422                                 //unable to open
 423                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 424                         }
 425                 }
 426         }
 427         catch(exception& e) {
 428                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 429                 exit(1);
 430         }
 431         catch(...) {
 432                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 433                 exit(1);
 434         }
 435 }
 436 /*******************************************************/
 437
 438 /******************************************************/
 439 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 440 // format parameters on a parselistcommand
 441 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 442         try {
 443                 ifstream filehandle;
 444                 int ableToOpen;
 445
 446                 //checks for valid files
 447
 448                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 449                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 450
 451                 //checks parameters on the read command
 452                 if (listfile != "") {
 453                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 454                         filehandle.close();
 455                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 456                                 errorFree = false;
 457                         }
 458                         if (groupfile != "") {
 459                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 460                                 filehandle.close();
 461                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 462                                         errorFree = false;
 463                                 }
 464                         }
 465                 }
 466         }
 467         catch(exception& e) {
 468                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 469                 exit(1);
 470         }
 471         catch(...) {
 472                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 473                 exit(1);
 474         }
 475 }
 476 /*******************************************************/
 477
 478 /******************************************************/
 479 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 480 // format parameters on a parselistcommand
 481 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 482         try {
 483                 ifstream filehandle;
 484                 int ableToOpen;
 485
 486                 //checks for valid files
 487
 488                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 489                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 490
 491                 //checks parameters on the read command
 492                 if (treefile != "") {
 493                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 494                         filehandle.close();
 495                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 496                                 errorFree = false;
 497                         }
 498                         if (groupfile != "") {
 499                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 500                                 filehandle.close();
 501                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 502                                         errorFree = false;;
 503                                 }
 504                         }
 505                 }
 506         }
 507         catch(exception& e) {
 508                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 509                 exit(1);
 510         }
 511         catch(...) {
 512                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 513                 exit(1);
 514         }
 515 }
 516
 517 /*******************************************************/
 518
 519 /******************************************************/
 520 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 521 // format parameters on a distfile read
 522 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 523         try {
 524                 ifstream filehandle;
 525                 int ableToOpen;
 526
 527                 //checks to make sure only one file type is given
 528                 if (listfile != "") {
 529                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 530                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 531                 }else if (rabundfile != "") {
 532                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 533                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 534                 }else if (sabundfile != "") {
 535                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 536                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 537                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 538                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 539                 }
 540
 541                 //checks parameters on the read command
 542                 if (orderfile != "") {
 543                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 544                         filehandle.close();
 545                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 546                                 errorFree = false;
 547                         }
 548                 }
 549         }
 550         catch(exception& e) {
 551                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 552                 exit(1);
 553         }
 554         catch(...) {
 555                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 556                 exit(1);
 557         }
 558 }
 559 /*******************************************************/
 560
 561 /******************************************************/
 562 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 563 // format parameters on a distfile read
 564 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 565         try {
 566                 ifstream filehandle;
 567                 int ableToOpen;
 568
 569                 //checks to make sure only one file type is given
 570                 if (phylipfile != "") {
 571                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 572                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 573                         else {
 574                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 575                                 filehandle.close();
 576                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 577                                         errorFree = false;
 578                                 }
 579                         }
 580                 }else if (nexusfile != "") {
 581                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 582                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 583                         else {
 584                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 585                                 filehandle.close();
 586                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 587                                         errorFree = false;
 588                                 }
 589                         }
 590                 }else if (fastafile != "") {
 591                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 592                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 593                         else {
 594                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 595                                 filehandle.close();
 596                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 597                                         errorFree = false;
 598                                 }
 599                         }
 600                 }else if (clustalfile != "") {
 601                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 602                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 603                         else {
 604                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 605                                 filehandle.close();
 606                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 607                                         errorFree = false;
 608                                 }
 609                         }
 610                 }else if (candidatefile != "") {
 611                         ableToOpen = openInputFile(candidatefile, filehandle);
 612                         filehandle.close();
 613                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 614                                 errorFree = false;
 615                         }
 616                 }
 617
 618
 619         }
 620         catch(exception& e) {
 621                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 622                 exit(1);
 623         }
 624         catch(...) {
 625                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 626                 exit(1);
 627         }
 628 }
 629
 630 /*******************************************************/
 631
 632 /******************************************************/
 633 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 634 // format parameters on a bin.seq command
 635 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 636         try {
 637                 ifstream filehandle;
 638                 int ableToOpen;
 639
 640                 if (fastafile == "") {
 641                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 642                 }else if (fastafile != "") {
 643                         //is it a valid filename'
 644                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 645                         filehandle.close();
 646                         //unable to open
 647                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 648                 }else if (listfile != "") {
 649                         //is it a valid filename'
 650                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 651                         filehandle.close();
 652                         //unable to open
 653                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 654                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 655                         //is it a valid filename'
 656                         ifstream filehandle;
 657                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 658                         filehandle.close();
 659                         //unable to open
 660                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 661                 }else if (namefile != "") {
 662                         //is it a valid filename'
 663                         ifstream filehandle;
 664                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 665                         filehandle.close();
 666                         //unable to open
 667                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 668                 }else if (groupfile != "") {
 669                         //is it a valid filename'
 670                         ifstream filehandle;
 671                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 672                         filehandle.close();
 673                         //unable to open
 674                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 675                 }
 676
 677
 678
 679         }
 680         catch(exception& e) {
 681                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 682                 exit(1);
 683         }
 684         catch(...) {
 685                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 686                 exit(1);
 687         }
 688 }
 689
 690 /*******************************************************/
 691
 692 /******************************************************/
 693
 694 void ErrorCheck::clear() {
 695         //option definitions should go here...
 696         phylipfile              =       "";
 697         columnfile              =       "";
 698         listfile                =       "";
 699         rabundfile              =       "";
 700         sabundfile              =       "";
 701         namefile                =       "";
 702         groupfile               =       "";
 703         orderfile               =       "";
 704         sharedfile              =       "";
 705         fastafile       =   "";
 706         nexusfile       =   "";
 707         clustalfile     =   "";
 708         candidatefile   =       "";
 709         line                    =       "";
 710         label                   =       "";
 711         method                  =   "furthest";
 712 }
 713 /*******************************************************/
 714
 715 /******************************************************/
 716