efron.cpp

   1 /*
   2  *  efron.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 5/13/09.
   6  *  Copyright 2009 __MyCompanyName__. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "efron.h"
  11 #include <math.h>
  12
  13 /***********************************************************************/
  14 EstOutput Efron::getValues(SAbundVector* rank){
  15
  16         try {
  17                 data.resize(1,0);
  18
  19                 double n = (double)rank->getNumSeqs();
  20                 if(m > n) {
  21                         cout << "Error in the 'efron' calculator. 'size' must be less than the length of the smallest sabund vector.\n";
  22                         data[0] = 0;
  23                         return data;
  24                 }
  25
  26                 double sum = 0;
  27                 for(int i = 1; i < rank->size(); i++)
  28                         sum += pow(-1, (double)(i+1)) * pow(((double)m / n), i) * (double)(rank->get(i));
  29
  30                 data[0] = sum;
  31
  32                 return data;
  33         }
  34         catch(exception& e) {
  35                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Coverage class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  36                 exit(1);
  37         }
  38         catch(...) {
  39                 cout << "An unknown error has occurred in the Coverage class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  40                 exit(1);
  41         }
  42 };
  43
  44
  45 /***********************************************************************/