dmat.h

   1 /*
   2  * dmat.h
   3  *
   4  * $Id$
   5  *
   6  *****************************************************************************
   7  *
   8  * Copyright (c) 2004,  Luke Sheneman
   9  * All rights reserved.
  10  *
  11  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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  32  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  33  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  34  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
  35  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  36  *
  37  *****************************************************************************
  38  *
  39  * Distance matrix parser header file
  40  *
  41  *****************************************************************************
  42  *
  43  * AUTHOR:
  44  *
  45  *   Luke Sheneman
  46  *   sheneman@cs.uidaho.edu
  47  */
  48
  49
  50 #ifndef _INC_DMAT_H_
  51 #define _INC_DMAT_H_ 1
  52
  53 #include "clearcut.h"
  54
  55
  56 #define NJ_INITIAL_BUFSIZE 32
  57
  58 #define NJ_NAME_STATE  100
  59 #define NJ_FLOAT_STATE 101
  60 #define NJ_WS_STATE    102
  61 #define NJ_EOF_STATE   103
  62
  63 #define NJ_PARSE_SYMMETRIC 100
  64 #define NJ_PARSE_LOWER     101
  65 #define NJ_PARSE_UPPER     102
  66 #define NJ_PARSE_UNKNOWN   103
  67
  68
  69 /* some data structures */
  70 typedef struct _NJ_DIST_TOKEN_STRUCT {
  71
  72   char *buf;
  73   long int bufsize;
  74   int type;
  75
  76 } NJ_DIST_TOKEN;
  77
  78
  79
  80 /* some function prototypes */
  81
  82 DMAT *
  83 NJ_parse_distance_matrix(NJ_ARGS *nj_args);
  84
  85 void
  86 NJ_output_matrix(NJ_ARGS *nj_args,
  87                  DMAT *dmat);
  88
  89
  90 #endif /* _INC_DMAT_H_ */
  91