distclearcut.h

   1 /*
   2  * dist.h
   3  *
   4  * $Id$
   5  *
   6  *****************************************************************************
   7  *
   8  * Copyright (c) 2004,  Luke Sheneman
   9  * All rights reserved.
  10  *
  11  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  12  * modification, are permitted provided that the following conditions
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  35  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  36  *
  37  *****************************************************************************
  38  *
  39  * Compute a distance matrix given a set of sequences
  40  *
  41  *****************************************************************************
  42  *
  43  * AUTHOR:
  44  *
  45  *   Luke Sheneman
  46  *   sheneman@cs.uidaho.edu
  47  *
  48  */
  49
  50
  51 #ifndef _INC_DIST_H_
  52 #define _INC_DIST_H_ 1
  53
  54 #include "fasta.h"
  55 #include "clearcut.h"
  56
  57
  58
  59 /*
  60  * An arbitrarily large distance to represent distances
  61  * which are too great to accurately correct.
  62  */
  63 #define NJ_BIGDIST 10.0
  64
  65
  66
  67 /* some function prototypes */
  68 DMAT *
  69 NJ_build_distance_matrix(NJ_ARGS *nj_args);
  70
  71 DMAT *
  72 NJ_compute_dmat(NJ_ARGS *nj_args,
  73                 NJ_alignment *alignment);
  74
  75
  76 float
  77 NJ_pw_percentid(NJ_alignment *alignment,
  78                 long int x,
  79                 long int y);
  80
  81 long int
  82 NJ_pw_differences(NJ_alignment *alignment,
  83                   long int x,
  84                   long int y,
  85                   long int *residues);
  86
  87 void
  88 NJ_no_correction(DMAT *dmat,
  89                  NJ_alignment *alignment);
  90
  91 void
  92 NJ_DNA_jc_correction(DMAT *dmat,
  93                      NJ_alignment *alignment);
  94
  95 void
  96 NJ_PROTEIN_jc_correction(DMAT *dmat,
  97                          NJ_alignment *alignment);
  98
  99 void
 100 NJ_DNA_k2p_correction(DMAT *dmat,
 101                       NJ_alignment *alignment);
 102
 103 void
 104 NJ_PROTEIN_kimura_correction(DMAT *dmat,
 105                              NJ_alignment *alignment);
 106
 107 void
 108 NJ_DNA_count_tt(NJ_alignment *alignment,
 109                 long int x,
 110                 long int y,
 111                 long int *transitions,
 112                 long int *transversions,
 113                 long int *residues);
 114
 115
 116 #endif /* _INC_DIST_H_ */
 117
 118
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 120
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