distancedb.hpp

   1 #ifndef DISTANCEDB_HPP
   2 #define DISTANCEDB_HPP
   3
   4 /*
   5  *  distancedb.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by westcott on 1/27/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "dist.h"
  16
  17 class DistanceDB : public Database {
  18
  19 public:
  20
  21         DistanceDB();
  22         DistanceDB(const DistanceDB& ddb);
  23         ~DistanceDB() { delete distCalculator; }
  24
  25         void generateDB() {} //doesn't generate a search db
  26         void addSequence(Sequence);
  27         string getName(int i) { return data[i].getName(); }
  28         vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int);  // returns indexes of n closest sequences to query
  29
  30         #ifdef USE_MPI
  31         int MPISend(int) {return 0;}
  32         int MPIRecv(int) {return 0;}
  33         #endif
  34
  35 private:
  36         vector<Sequence> data;
  37         Dist* distCalculator;
  38
  39         int templateSeqsLength;
  40         bool templateAligned;
  41
  42         bool isAligned(string);
  43
  44 };
  45
  46 #endif