deuniqueseqscommand.h

   1 #ifndef DEUNIQUESEQSCOMMAND_H
   2 #define DEUNIQUESEQSCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deuniqueseqscommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by westcott on 10/19/10.
   8  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13
  14 /* This command is the reverse of unique.seqs */
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  16 class DeUniqueSeqsCommand : public Command {
  17
  18 public:
  19         DeUniqueSeqsCommand(string);
  20         DeUniqueSeqsCommand();
  21         ~DeUniqueSeqsCommand() {}
  22
  23         vector<string> setParameters();
  24         string getCommandName()                 { return "deunique.seqs";               }
  25         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  26
  27         string getHelpString();
  28     string getOutputPattern(string);
  29         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Deunique.seqs"; }
  30         string getDescription()         { return "reverse of the unique.seqs command, and creates a fasta file from a fasta and name file"; }
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  32
  33         int execute();
  34         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  35
  36
  37 private:
  38
  39         string fastaFile, nameFile, outputDir;
  40         vector<string> outputNames;
  41         bool abort;
  42
  43         map<string, string> nameMap;
  44
  45         int readNamesFile();
  46
  47 };
  48
  49 #endif
  50