deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
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  12 #include "command.hpp"
  13 #include "fastamap.h"
  14
  15 /* The unique.seqs command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  16         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
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  19 class DeconvoluteCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         DeconvoluteCommand(string);
  23         ~DeconvoluteCommand() { delete fastamap; };
  24         int execute();
  25         void help();
  26
  27 private:
  28         FastaMap* fastamap;
  29         ifstream in;
  30         ofstream out, outFasta;
  31         string filename, outputFileName, outFastafile;
  32
  33         bool abort;
  34 };
  35
  36 #endif